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这是一篇填坑的笔记，需要结合上一篇bismark的学习笔记一节来看。
上一篇bismark学习笔记见-------->https://www.jianshu.com/p/82fa1100f834
这是一个思考问题的系列小笔记，可以串起来看~
在上一篇学习笔记中，利用了bismark这个工具，初步的了解一下DNA甲基化分析。
1：建立index
2：进行比对（在这里需要注意的是bowtie/bowtie2的用法）
3：比对完了之后去重（duplication）
4：bismark_methylation_extractor 提取信息
5：sort 排序（samtools 也是可以的）
进行完了mapping，排序完了之后，接下来干嘛？
思考一：如果甲基化转化率不高的话，后续结果分析打问号。问题来了： 如何进行甲基化转化的判断计算？
我们都知道在进行BS转化的时候需要加入一段已知的lambdaDNA序列，那么添加这段小小的序列的目的是什么？
为了计算甲基化转化值
给大家推荐一个比较好用的perl脚本：MethylExtractBSCR.pl
基本思路也是比较sam中CT的转换情况和lambdaDNA的ref原始碱基进行计算比较。
附上下载的链接：https://bioinfo2.ugr.es/MethylExtract/
我们可以通过查看这个pl脚本的帮助文档看看怎么用：
帮助文档
它有两种比对的模式一个是pair-end ,一个是single-end
对于single-end来说：
MethylExtractBSCR.pl seqFile=lambdaDNA.fa inFile=input.lambda.sam flagW=0 flagC=16
对于pair-end 来说：
MethylExtractBSCR.pl seqFile=lambdaDNA.fa inFile=input.lambda.sam flagW=99,147 flagC=83,163
附上结果
计算结果
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