原理

GWAS 的主要方法学依据是归纳法中的共变法，是探究复杂因果关系最主要的科学思维和方法。所谓共变法，是通过考察被研究现象发生变化的若干场合中，确定是否只有一个情况发生相应变化，如果是，那么这个发生了相应变化的情况与被研究现象之间存在因果联系。GWAS是利用连锁不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）的原理来识别分子标记（SNP、InDel、CNV）与目标性状之间相关性的分析方法。

需要理解什么是连锁不平衡。

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连锁平衡：不同基因座上的等位基因随机组合，不同基因座的等位基因组合的频率(PAB)等于该组合中等位基因各自频率的乘积(PA×PB)，不存在优势组合。
连锁不平衡：不同座位上两个等位基因实际出现的频率(P’AB)与预期的随机频率(PAB)之间存在明显差异，即P’AB =PAB＋D。D值越大，连锁不平衡程度越大，连锁越紧密。因此，连锁不平衡又称等位基因关联（allelic association）。

如果还不理解，试着看看这段解释：
基因A与基因B位于同一条染色体上，在减数分裂时进入同一子细胞，通俗的说就是：“基因A与基因B总是在一起”，这种现象就称为连锁。
如果在减数分裂的联会时期，同源染色体非姐妹染色单体发生了交叉互换，使得产生的子细胞中不完全是“基因A与基因B在一起”，还有“基因A与基因b在一起”，这种现象称为不完全连锁，即连锁不平衡。
详细可参考：连锁不平衡：linkage disequilibrium