1. 安装ldsc

cd ~/software
mkdir ldsc
git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc
conda env create --file environment.yml
source activate ldsc
./ldsc.py -h
./munge_sumstats.py -h

2. 开始计算遗传力

需要提前准备好GWAS的结果文件summary.txt为GWAS的summary数据，
包含rs编号、染色体编号、位置、A1（效应等位基因）、A2（无效等位基因）、效应值（OR或BETA）、P值
格式如下：
munge_sumstats.py --sumstats summary.txt --N 17115 --out scz --merge-alleles w_hm3.snplist

同时计算遗传相关性

for i in $(seq 0 4); do
echo $i
nohup ldsc.py --rg trait${i%}.sumstats.gz,trait1.sumstats.gz,trait2.sumstats.gz,trait3.sumstats.gz,trait4.sumstats.gz --ref-ld-chr chr/ --w-ld-chr chr/ --out --out trait${i%}linearcorr &
done

把所有的SNP位点纳入分析，那么采用这个命令： munge_sumstats.py --sumstats summary.txt --N 17115 --out scz

参考
https://github.com/bulik/ldsc/wiki/Heritability-and-Genetic-Correlation
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MDA2MDQzMQ==&mid=2247483972&idx=1&sn=6abb84404d5c1e98ef496d9ee71c688e&chksm=ce2d6c24f95ae532c5d12fec895763dafbf3c9afe6a8056b3c044621d5f7a9befd01f3941438&scene=21#wechat_redirect
https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/13865970.html