甚至只要拿武英殿本《明史》和“四库”本《明史》对比校读，我们就会发现，在明朝十几位皇帝中，至少在景帝、英宗、武宗、宪宗、孝宗、世宗、穆宗等七位皇帝的本纪中，对传主的评语都有了显著的修改。经过这样的修改，明朝皇帝给后人的印象就在总体上就更突出了“明朝多昏君”的特点。
只要对史料有充分的解读，有独立的思考，今天的我们仍然可以得出自己的判断：明朝的皇帝在总体上其实是远强于清廷的皇帝的。
明成祖没有残杀建文帝遗臣，原本《明史》中记述方孝孺等人之夷族诛死仅用了“丁丑，杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并夷其族”十五字，而在“四库”本《明史本纪》中则改为了这样的叙述：“丁丑，召方孝孺草登基诏，孝孺投笔，且哭且骂。帝大怒，泰、子澄亦抗辩不屈。遂与孝孺同磔于市，皆夷其族”。很显然，无论是原本还是四库本的《明史》，都没有明成祖夷方孝儒十族的记载——我真不知道这所谓“夷十族”的记载是出自哪里了？总之，这么一改，明成祖就成了以残酷的同磔刑处死方孝孺等建文朝大臣的皇帝了，就成了一个以残暴著称的皇帝了。不得不因此想，那明成祖的所谓残暴，包括明太祖的所谓残暴，其真实性都是值得怀疑的，这当中至少掺入有满清为妖魔化前朝而捏造的一些事实及夸大的一些数据。
满清统治者为什么对《明史》如此敏感？从庄廷龙明史案、戴名世等明史案中可以看出，统治者对《明史》可谓敏感之至！他们惟恐本朝被辉煌的明朝比下去，惟恐汉民众长久地怀念大明，惟恐满清的皇帝被明朝的皇帝抢了风头，所以，就采取了按皇帝的意志强行修史的办法来丑化前朝。于是，制度先进、思想自由、社会开放、经济发达、文化繁荣、民生富足、君主善“无为而治”、科技事业临界于突破、资本主义萌芽生机勃勃的大明期就被满清统治者摸黑和妖魔化到了一个空前绝后的程度，而闭关锁国、思想禁锢、经济停滞、民生凋敝、日益落后于西方世界的清廷却还在以所谓的“康乾盛世”来标榜自己。
明朝党争之所以如此剧烈，这和明朝思想活跃也是分不开的，而反过来思想的活跃党争的激烈又促使更为先进更为激烈的思想的出现，看看明朝的大思想家黄宗羲的《明夷待访录》就可以知道明朝思想界的活跃和进步已经达到了什么样的地步。
清廷对明史做了非常多的修订，让这部史书看起来各方面都有利于清廷。清廷造反也好，屠城也好，烧杀抢掠也好，纷纷都删掉；明朝自己出的一些起义、作乱反而被极尽夸大。
清政府为了让自己所修订的明史变为正史，还在全国范围内对史官进行镇压，听话的才能保命，但凡记录真相的统统被屠杀。很多人都不敢再说出真相，清朝人就希望能让有关明清之间的历史这样被湮灭。
无论他们想得有多好，中国文人永远有他们无法磨灭的力量。人可以被杀死，书可以被篡改，但事实是永远无法被扭曲的。即使乾隆已经把所有能搜集到的明史都烧了个干净，但架不住明朝时期已经有了海外贸易，在国外都有保留着的明史原本，在日本的馆藏中都有大量明史的史料收集。三百年来，文人士大夫在拼命保存历史的真相。在现代，我们也搜集到了许多明朝当时所残存的各种文字记录，还原真实的历史。
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