上帝存在的第三种证明有好几个名称：“目的论证明”、“设计证明”以及“类比证明”。尽管这种证明在 18 世纪特别流行，我们还是在托马斯·阿奎那的《神学大全》中发现了一个 13 世纪的版本：
第五个方面是从世界的秩序来论证上帝的存在。我们看到，那些无知识的人，甚至那些生物，也为了一个目的行动，他们总是或常常遵循同样的方式行动，以求获得最好的结果。显然，他们谋求自己的目的并不是偶然的，而是有意的行动。但是，无知者如果不受某个有知识和智慧的存在者的指挥，如箭受射箭者指挥，他也不能移动到目的地。所以，必定有一个有智慧的存在者，一切自然的事物都依靠它趋向他们的目的。这个存在者，我们称为上帝。
目的论解释是按照目标、目的以及意图来进行的解释（“目的论”这个词来自于希腊语的 telos，意思是“目标”或者“结果”）。我们熟悉目的论的解释，因为我们每天都在使用它们去解释自身以及周围人的行动：“约翰为什么去另一个房间了？”“为了给吉尔打电话。”按照目的和目标对约翰行为的这一解释，使他的行为对于我们而言是可理解的。
请注意，我们对于约翰行为的这种目的论解释，与严格的因果解释（我们总是运用它使自然界的非人类对象的行为变得可以理解）有着怎样的不同。“树为什么会倒下？”“根扎得太浅了，在昨晚的暴风雨中没能够支撑住树的重量。”
我们也用因果律，而不是目的论来解释偶然的人类事件：“约翰躺在地上做什么？”“他被自己的鞋带绊倒了。”注意，在此没有涉及目标、意图或者目的，所以这些解释不是目的论的。现在，对于这两种相互区分的解释形式的运用似乎非常清楚。我们对于特定的人类行为用目的论去解释，对于自然现象用因果律去解释。但是，考虑以下这些转变：
“为什么鹗有这么好的视力？”
“为了能够在高空中看到鱼。”
“为什么这种飞蛾的翅膀上有褐色的斑点？”
“为了能与周围的环境融为一体，保护自己躲避天敌。”
“为什么大脑供血不足时我们会晕倒？”
“这样心脏就可以在水平方向输送血液。”
这些解释都是目的论的。它们用目标或者目的来进行解释。正如达尔文声称的那样，这些解释可能会有错误，但不可否认的是，人们总是这样来谈论事物（通常是父母告诉他们的孩子）。对于许多人来说，这些解释似乎是非常自然的。目的论证明正是从这些解释的“自然性”中受益颇多。
目的论证明认为，自然现象需要一个目的论的解释，或者至少被视作一个系统的自然现象总体需要这样一种解释。没有其他证明令人满意。这种断言在近几年的神创论运动中强有力地得到回归。运动的参与者对公立普通高中的教育委员会以及学院和大学的董事会施加政治压力，试图迫使他们把目的论证的版本写入美国学校的科学课程中，或者至少提供一个替代进化论的科学论证。
这种论证的常见形式就是：如果你在山间小路上发现了一块表，你会根据这块表的功能进行推断，认为它是为了服务于某个目的而被设计的，并且一定有聪明的钟表匠创造了这个人工制品。按照自然的偶然和巧合来解释这块表是不合理的。但是比起钟表，自然错综复杂的工作更加令人惊异。人类的心脏以刚好能维持人生命的压力输送血液；行星以绝对的数学精度在它们的轨道上运行；每个行星都与它周边的环境近乎完美的和谐。总之，宇宙就像钟表那样，是复杂而平衡的系统，只能按照智慧的创造者的目的和意图来解释。对于宇宙而言，这个聪明的创造者就是上帝。
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