这是一个关于中国式父与子的故事，但又透着点“非中国特色”的意思。
电影从航天员马飞（白宇 饰）的回忆说起，时间退回到举国上下大办亚运会的那一年。男足冲奥、香港回归、九八洪水、张国荣去世……一首首老歌串起了整部电影。这些极具年代感的元素，让《银河补习班》被打上了怀旧电影的标签。其实，怀旧只是外壳，喜剧也不过是表现方式，父亲形象的建立和对畸形教育制度的批判，才是电影的两条主线。
因为肢体不协调而被老师封了个“缺根弦”称号的小马飞，因为自己设计的大桥在通车前坍塌而沦为阶下囚的马皓文（邓超 饰），两个主角从一开场就带着点悲剧色彩，这也让观众为他们之后跌宕起伏的人生捏着把汗。
而导演也很配合地满足了观众的“愿望”，让马皓文和马飞这对父子，总是时不时地被命运玩弄，以屋漏偏逢连夜雨的方式遭受着磨难，这让他们短暂的快乐看上去更加弥足珍贵。
一别七年，妻子带着儿子马飞改嫁，出狱的马皓文被千夫所指。父子俩的重逢是在全校的批判大会上，不巧被批判的主角就是马飞，而见证了全过程的是马皓文。
以这样一种尴尬的方式重逢，让马飞的气恼多过兴奋。他气父亲没有如约回来，也气他差一点错过了自己的成长。十几岁的孩子，自尊心比天大，他更气自己为何会让父亲看到他不好的哪一面。
尽管他可以站在全校面前被教导主任教训，并且嬉皮笑脸不以为然，但他不能允许自己在父亲面前活得如此不优秀、甚至是糟糕。因为这像是一种食言，父亲没有遵守回家的承诺，而他也没有做到“世界上最聪明的孩子”应有的样子。
都说女生会有恋父情节，其实男生又何尝不是。马飞对父亲的依恋，从小到大，从始至终，都没有改变过。 大桥坍塌时，他没有认为父亲失败；父亲坐牢，他被厂子里的小孩追打，他没有埋怨为何摊上这样的父亲。七年，当再次重逢时，他的第一句话是“为什么不回家”，而不是“都怪你坐牢”。这大概就是全片的温暖所在，不煽情，却润物无声，就像父爱本来的样子。
发射升空前记者会上，那个空缺的位置，就像是马飞心里的残念。无论那个人在与不在，他永远在心里占据着最重要的位置。
这次，邓超在片中塑造的父亲形象，抛弃了他在喜剧片里一贯的“不正经”。就算桥坍塌，他的人设也全程不崩塌：替全厂抗下所有罪，有担当；面对别人的指责、嘲笑不反驳、不解释；面对老婆改嫁，不闹腾。
他好像从来都是逆来顺受，委曲求全，唯一的不让步，就是在对儿子马飞的教育上。当所有人，甚至马飞自己都认为自己不行时，他依旧保持着许三多式不抛弃不放弃的乐观。
他会用身体力行的方式影响马飞；他总告诉马飞“你可以”，而不是“我是为了你好”。在他的眼中掌握思考的能力，远比考高分本身重要。快乐学习，快乐玩耍，真正的散养教育。
而与之相对的，则是剧中“唯分数至上”的教导主任这个角色。他顽固守旧，只看分数，而疏于对学生身心的关心，甚至对自己的孩子也不例外。在他的世界中，不允许有不优秀存在。所以，他逼疯了自己的儿子，又在不知不觉中差点将其他孩子逼疯。他就像是站在马皓文对立面的一个反面教材。
片中，插播了一段马飞作文中虚构场景。而教导主任就像是太后身边的那个太监总管，坚韧而盲目地维护着他所效忠的主子和早就该分崩离析的封建制度。
马飞从倒数第一的差生变成了航天员，从一个从小就被老师认为“缺根弦”的孩子变成了全国人民心目中的航天英雄，这无疑是马皓文和他散养式教育的成功。
有人说马皓文就像《阿甘正传》中阿甘的母亲，或许吧，正因为如此，他才成了大多数人眼中的异类。
巧的是，在看完《银河补习班》后刚好又看了另一部电视剧，剧中男主向妻子保证：我的孩子得接受最好的教育。虽然是爱和责任的提现，但这样的台词还是有点触目惊心。好的教育，什么是好的教育？在重点学校接受教育，取得高分、考上好大学的孩子，就是好的教育、就是成功吗？
就像马皓文所说：考上清华北大只是过程，不是最终目的。可惜，不知道有多少家长可以明白这一点。
难得看到邓超用很“正经”的方式来演绎喜剧，两个半小时的电影中有欢笑也有反思，但电影也不可避免地带着此类电影的一些通病。
马皓文用一己之力挑战唯分数至上的教育制度，这可能表达了很多人的心之所向，但除了套路，也让他的形象显得过于高大。加上老孟和教导主任这两个父亲形象的衬托，让马皓文这个父亲更近乎完美，好像除了坐过牢这个污点几乎无所不能，甚至连坐牢也是遭人陷害、替人顶罪。
而马飞又绝壁比阿甘聪明得多，这让他总能在危难中遇到转机：被困洪水中靠自己想办法获救，航天器出问题靠他的机智果敢得以修复。虽然电影尽可能地让马飞这个学渣的逆袭变得合理，但剧情中还是疏于对马飞努力过程的刻画。这就很容易让观众在为主角成功而感叹的同时，潜意识认为逆袭是件很容易的事，甚至产生只要努力就会成功的错觉。不过，事实并非如此，至少在《银河补习班》中，主角除了聪明和努力，还是要命运施舍点运气的。
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