目前流行的杂阿含经是由1362部独立经文组成，分为五十卷，约八十八万七千字，由于无法考究的原因，现在的杂阿含经经文卷次错乱，其中第二十三卷、二十五卷轶失，不知何故代之以阿育王经。由于经文次第混乱，条理不清，初学者难以形成整体的印象，因此厘清各卷次第是学习杂阿含经第一步首要的任务。对于这个问题我们可以试着用下面的三个方法来确定：
一、参照南传相应部的相对应经文来确定
现在已经确知南传相应部与北传杂阿含经有共同的本源，两者是同一部经文经不同历史时空流传的产物，两者之间有相当部分的经文可以相对应。虽然我们不能确定南传相应部在流传的过程中是否也发生过经文次第错乱的情况，但参考相应部的结构，比较两者的关系还是非常有益的。南传相应部与杂阿含经都有相近的结构，两者的经文都有五阴诵、六入处诵、杂因诵、道品诵、八众诵这五个部分，南传相应部另外还有弟子所说诵与如来所说诵两部分，这两部分在杂阿含经中能找到相对应经文，相比较杂阿含，南传相应部还有其它多出的经文，因为是以介绍杂阿含经为主，对于这些经文先存而不论。
由此，可以把杂阿含经从经文的内容分为七大部分，即：五阴诵、六入处诵、杂因诵、道品诵、如来所说诵、佛弟子所说诵、八众诵。
二、参照别译杂阿含来确定
目前，除了杂阿含经之外，还存有别译杂阿含经，比较两者的经文，可以发现别译阿含经的内容与佛弟子所说诵、如来所说诵、八众诵的内容极为相似，因此可以参考别译来确定杂阿含经中这三部分的次序。
三、依照卷与卷的关系确定
杂阿含经剔除阿育王二卷后，剩下四十八卷，可以注意到每一卷的篇幅长度是相近的。在中国古代，纸张是文化人的象征，制造纸张也是很不容易的，有敬惜纸张的传统，当纸造好之后，是卷成一卷一卷的，每卷纸的长度是相近的，在誊写文章时，如果某一段文章写完了，但剩余的空白处无法完整誊写另一段文章时，仍会进行誊写以免浪费纸张，未誊写完的部分就另起一卷。因此，文章的分卷不是按其内容区分的，而是按纸张长短区分的，这种分卷方法造成了文章内容的断离，但对揭示卷与卷的关系提供了线索。杂阿含经的分卷也是如此，有许多卷的上半部分与下半部分经文内容明显不同，这虽然带来了一定的困扰，但这给确定各卷的次第提供了方便。比如：第四十八卷，上半部分是天女相应，下半部分是天子相应，第四十九卷中，上半部分是天子相应，下半部分是鬼相应，由此可以确信，第四十九卷确实是接在第四十八卷之后的。使用这种方法可以推定相当一部分经卷的次第。
四、参考前人的考证
在杂阿含经各卷次第的考证上，吕澄先生与印顺导师做出了杰出了贡献，其它僧众与居士也做出了巨大的努力，其中吕澄先生的贡献最为特出。
附录吕澄先生《杂阿含经刊定记》中的杂阿含各卷次第
五取蕴诵第一（五卷）：卷一 卷十 卷三 卷二 卷五；
六处诵第二（五卷）：卷八 卷九 卷四十三 卷十一 卷十三；
缘起诵第三（二卷余）：卷十二 卷十四 卷十五（一～一六又一七 食诵 第四～二四又二五 谛诵第五‧一卷余～末）～卷十六（一～六二又九一 界诵 第六‧一卷余～末）～卷十七；
佛弟子所说诵第七（四卷）：卷十八 卷十九 卷二十 卷二十一；
佛所说诵第八（九卷半）：卷四十一（五四～末） 卷三十二 卷三十三 卷三十四 卷三十五 卷四十七 卷三十七 卷六 卷七 卷三十一；
念住等诵第九（八卷半）：（缺卷） 卷二十四 （缺卷） 卷二十六 卷二十七 卷二十八 卷二十九 卷三十 卷四十一（一～五三）；
八众诵第十（十三卷）：卷三十八 卷三十九 卷四十 卷四十六 卷四十二 卷四 卷四十四 卷四十五 卷三十六 卷二十二 卷四十八 卷四十九 卷五十
从上面四种方法可以粗略推定杂阿含经各卷的次第，这个推定出的次序是否与最初的版本相符，毫无疑问，这是不能确定的。本书给出的次序参考了上述几种方法，基于佛法的逻辑，以经文内容为基点区分，这个次序不是为了复原杂阿含经各卷的次第，这只是介绍我们学习杂阿含经的方法，希望给他人以启发，起一个抛砖引玉的作用，不是考证，只是希望这个次序有助于初学者学习杂阿含经。
杂阿含经的各卷次第：
1. 五阴诵第一 卷一、卷十、卷三、卷二、卷五、卷六、卷七
2. 六入处诵第二 卷八、卷九、卷四十三、卷十一、卷十三
3. 杂因诵第三 卷十二、卷十四、卷十五（365-370）、 卷三十三（937-939）、卷三十四（940-956）
4. 道品诵第四
4.1 四圣谛 卷十五（379-406）、卷十六（407-443）
4.2 界诵 卷十六（444-454）、卷十七（455-464）
4.3 受诵 卷十七（465-489）
4.4 食诵 卷十五（371-378）
4.5 念处诵 卷二十四（605-639全）
4.6 根力诵 卷二十六（642-703）
4.7 觉支诵 卷二十六（704-711）、卷二十七 （712-747全）
4.8 圣道诵 卷二十八（748-793）
4.9 沙门果 卷二十八（794-796）、卷二十九（797-800）
4.10 安那般那念 卷二十九（801-815）
4.11 三学 卷二十九（816-829）、卷三十（830-832）
4.12四不坏净 六随念 卷三十（833-860）、卷四十一（1121-1135）
4.13 四禅四正断 卷三十一（861-883）
4.14 无学 卷三十一（884-904）
5. 佛所说诵第五
5.1 比丘诵 卷三十五（981-992）、卷四十七（1242-1264）
5.2 聚落主诵 卷三十二（907-916）
5.3 马诵 卷三十二（917-918）、卷三十三（919-926）
5.4 摩诃男诵 卷三十三（927-936）
5.5 外道诵 卷三十四（957-969）卷三十五（970-980）
5.6 病、临终关怀、往生 卷四十七（1241、1265-1266）、卷三十七（1023-1038）
5.7 业 卷三十七（1039-1061）
6. 佛弟子所说诵第六
6.1 舍利弗诵 卷十八（490-500）
6.2 大目建连诵 卷十八（501-503）、卷十九（全504-536）
6.3 阿那律诵 卷二十（537-545）
6.4 迦施延诵 卷二十 （546-555）
6.5 阿难诵 卷二十 （556-558）、卷二十一（559-565）
6.6 质多罗长者诵 卷二十一（566-575）
6.7 摩诃迦叶诵 卷三十二（905-906）、卷四十一（1136-1144）
6.8 婆耆舍诵 卷三十六（993-994）、卷四十五（1208-1221）
7. 八众诵第七
7.1 比丘诵 卷三十八（1062-1080）、卷三十九（1081-1083）
7.2 魔波旬诵 卷三十九（1084-1103）、卷四十五（1189-1207）
7.3 婆罗门诵 卷四十二（1151-1163）、卷四（88-102）、卷四十四（1178-1187）
7.4 梵天王诵 卷四十四（1188-1197）
7.5 天帝诵 卷四十（1104-1120全）、卷四十六（1222-1225）
7.6 波斯匿王诵 卷四十六（1226-1240）、卷四十二（1145-1150）
7.7天子、天女诵 卷二十二（576-603全）、卷三十六（995-1022）、卷四十八（1267-1293全）、卷四十九（1294-1318）
7.8 鬼诵 卷四十九（1319-1324）、卷五十（1325-1330）
7.9 天神诵 卷五十（1331-1362）
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