CR-单细胞水平研究人类睾丸细胞图谱

标题：The Neonatal and Adult Human Testis Defined at the Single-Cell Level
期刊：Cell reports
日期：FEBRUARY 05, 2019

  这篇文章算是比较中规中矩的单细胞研究某一器官图谱的文章形式，文章的亮点主要包括1）通过scRNA-seq分析定义新生儿和成人睾丸细胞亚群；2）新生儿包含原始生殖细胞和SSC样细胞；3）定义了具有不同标记的许多成体精原细胞状态；4）定义了新生儿和成人睾丸“生态位”细胞和因子。

文章框架

  文章通讯作者Miles Wilkinson, Ph.D.加利福尼亚大学圣地亚哥分校妇产科和生殖科学系教授，研究领域包括：

• RNA
• Stem cell biology
• Epigenetics
• Reproductive biology
• Developmental biology
• Neurobiology

• Cancer
  等方向，集中在基因调控回路对正常发育和疾病的影响。

  
  PI

  文章使用10X公司scRNA-seq来分析成人新生儿睾丸中的所有细胞，来定义所有主要的精子和体细胞亚群。通过比较新生儿和成人睾丸细胞的基因表达变化情况，描述了精子发生的时间序列等，整体的结果描述了人类睾丸组织精子细胞及体细胞的细胞发育图谱。

单细胞分群

文章分析很常规，原始数据利用10X公司提供的cellranger流程处理，得到matrix，后续分析采用Seurat包完成质控，降维聚类等分析，睾丸单细胞分群情况，共分为7群，其中比较大的SPG群，后续又对这个细胞群进行亚群分析，鉴定发现了一些新的细胞亚型。

亚群
对于分化发育等细胞，可以利用monocle包进行时间序列分析。根据基因表达情况推测细胞当前所处的每个分化阶段位置。
时序分析

鉴定描述新发现的SPG细胞亚型

鉴定描述新发现的SPG细胞亚型
鉴定描述新发现的SPG细胞标记
鉴定描述新发现的SPG细胞标记
人类睾丸中体细胞群的表征
人类睾丸中体细胞群的表征
人类睾丸中的受体 - 配体信号相互作用
人类睾丸中的受体 - 配体信号相互作用
人类雄性配子发生模型和新生儿信号
人类雄性配子发生模型和新生儿信号