针对RNA m6A修饰位点的鉴定，有基于抗体识别和非抗体依赖两种策略。而其中尤以基于抗体识别m6A的鉴定RNA m6A修饰位点的策略（m6A-seq）最为常用。但这种策略也存在着明显的缺点：（1）RNA用量大；（2）生物学重复差；（3）无法进行样本和基因层面的定量分析；（4）实验成本（包括试剂耗材和人力成本）高。而今天分享的m6A-seq2，可以算是m6A-seq的优化升级版，解决了m6A-seq的一些缺点。
m6A-seq2
m6A-seq2原理：其实m6A-seq2简而言之，只是进行了一个很小的改动：对不同样本进行标签化——通过对不同样本连接特异的接头，混合后进行抗体识别与免疫共沉淀和建库。例如，原本要进行12个样本的m6A-seq，那就得进行12个m6A抗体的免疫沉淀与建库；而m6A-seq，则是先给这12个样本分别连接一个特异性接头，然后进行混合，一起进行1个免疫沉淀与建库即可。因此，m6A-seq可以大大降低每个样本RNA的用量，并且由于是同时进行免疫沉淀和建库，生物学重复也会显著提高，同时也会大大降低实验成本。
m6A-seq2的独特用途：首先，m6A-seq2除了进行进行与m6A-seq一样的m6A修饰位点鉴定外，其还可以用进行样本间m6A修饰水平的评估（m6A sample index，m6A-SI）以及基因层面m6A修饰水平的比较（m6A gene index， m6A-GI）。
Reference
Dierks, D. et al. Multiplexed profiling facilitates robust m6A quantification at site, gene and sample resolution. Nat Methods (2021).
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