鉴于circRNA主要来源与RNA的外显子，因此区分与检测circRNA的关键在于鉴定其BSJ（back-splicing junction）。采用去rRNA的RNA-seq或者结合RNase R等富集circRNA的方式均可提高对circRNA的BSJ的检测。此外针对circRNA的全长鉴定也已开发了相应的三代测序方法。而今天要分享的是关于如何进行circRNA的实验验证。
常用于实验鉴定circRNA的方法包括Northern 杂交 (Northern blotting)和逆转录PCR（Reverse-transcription PCR）。其中Northern 杂交方法采用与circRNA BSJ配对的杂交探针进行circRNA的检测。逆转录PCR方法则是采用BSJ两侧方向相反的divergent primer进行检测。为了进一步确认circRNA的存在与闭环结构，使用上述两种方法进行分析是，常同时进行RNase R的处理。
circRNA的检测
1. BSJ序列的获取：可在circBase中查找拟研究的circRNA，并获取circRNA ID（例如hsa_circ_0085536）。使用circinteractome进行序列提取（不过circinteractome好像在维护，无法检索circRNA）。可以改用CircPrimer进行BSJ序列获取。
2.可以使用circPrimer进行divergent primer的设计，详细可以参考【CircPrimer】circRNA引物设计。
3.根据BSJ序列试剂Northern blot探针。
Reference
1. https://www.jianshu.com/p/ca5d3ecfecad
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