米特里达梯生于约公元前132年，是本都国王米特里达梯五世的儿子。
公元前121年，父亲一场宫廷阴谋中，被人毒死。只有十岁的米特里达梯六世继位。传说由于他和母亲之间的严重不和。在他的父亲遇刺后，母亲支持他的兄弟，阴谋杀害他，米特里达梯六世被迫逃出王宫，在野外单独生活了七年。在那里他像个野孩子一样坚强地活了下来。约前115年，羽翼已丰的米特里达梯六世推翻了母亲并将其监禁（有些记载认为他杀死了母亲），开始亲自执政。为了消灭一切对其权力的威胁，米特里达梯处死了自己所有的兄弟姐妹，除了被他占为妻子的妹妹拉奥迪凯。
卢浮宫所藏的米特里达梯六世雕像
为了争夺安纳托利亚（即小亚细亚），米特里达梯与罗马一共进行了三次战争，史称“米特里达梯战争”。
第一次米特里达梯战争发生于公元前89年，持续了五年，以罗马人的胜利而告终，开始米特里达梯占据绝对优势。本都军队蹂躏了比提尼亚全境，继而侵入罗马领土亚细亚行省，一直打到了马尔马拉海。在一次胜利后，他抓获了罗马军队的指挥官马尼乌斯·阿基利乌斯，米特里达梯六世令人用以熔化的黄金灌入阿基利乌斯的咽喉，将其处死。在占领了整个安纳托利亚西部时，他下令处死了住在那里的包括妇孺在内的所有罗马公民（包括意大利人）超过8万名。但是最终他还是被罗马人打败了，失去了大部分在战争中征服的土地。
公元前83年，上次战争结束时罗马驻留在亚洲的两个军团擅自发兵入侵本都，引发了第二次米特里达梯战争。这次米特里达梯大获全胜，再次控制了卡帕多细亚的部分地区。
公元前73年，比提尼亚国王去世，他在死前将整个国家赠送给罗马。米特里达梯担心罗马人扩张到了自己的家门口，于是阻止罗马人接收比提尼亚，战争爆发。战争持续了十年，开始时本都军队处于上风，并攻入罗马的亚细亚行省，但罗马将领卢库卢斯经过苦战阻止了米特里达梯的攻势，后来庞培被派来结束了这场战争，他占领本都，此后比提尼亚与本都地区合并为比提尼亚与本都行省，成为罗马治下的一个省分。
本都钱币上的米特里达梯六世
米特里达梯六世被庞培赶到克里米亚，招募军队企图东山再起，不久后又逃往博斯普鲁斯王国，那里由他的长子曼卡雷斯统治。到了曼卡雷斯的宫廷后，却发现他已经投靠了罗马。他逼迫曼卡雷斯自杀，攫取了博斯普鲁斯的王位。他以此为根据地，策划了一项翻越阿尔卑斯山进攻意大利的宏伟战略。
由于米特里达梯六世的残暴，许多城市发生叛乱。他的另一个儿子法尔纳克领导起义者，将他围困在宫内。
他决定自杀，他先逼迫自己的两个尚未成年的女儿服毒自尽，然后自己服毒。可能多年来刻意摄取小剂量的毒药，身体适应了各种类型的毒素（民间称呼他“毒药国王”），由于他对毒药的免疫力，未能死成。
他决心不受任何折磨与侮辱，他向忠诚的高卢侍卫下命令，用剑将他杀死。
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