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R语言可视化之ggplot2——GO富集分析

R语言可视化之ggplot2——GO富集分析

作者: zrh_h | 来源:发表于2020-06-19 11:58 被阅读0次

    自学生信两个月了,都是自己在网上东找找西找找,总觉得连门都没入。总说最高效的学习方法就是输出,而最好的输出就是教别人。当然给别人讲课我还远远达不到,但自己学完,写下来,也算是一种输出了吧。

    1. 数据准备

    DAVID是一个可以做ID转换、富集分析等多种生信分析的综合数据库。

    以DAVID上的GO分析结果为例,主要需要Category,Term,Count,FDR,Fold Enrichment这几列。

    随便用几个基因举例子,正常的数据中应取FDR<0.05,但是由于是随机挑选的基因,这里就用PValue代替了

    2. 作图

    library(ggplot2)
    go<-read.table(file = "go.txt",header = T,sep = "\t") #导入文件
    ggplot(data = go)+
    geom_bar(aes(y=reorder(Term,Count),x=Count,fill=-log(PValue)),stat='identity')+
     # Y轴为Term,以Count数排列,X轴为Count数;绘图函数里的stat参数表示对样本点做统计的方式,默认为identity,表示一个x对应一个y  
      scale_fill_gradient(expression(-log["10"](P.value)),low="blue",high="red")+
     # 设置图例
      ylab("")+
      xlab("Gene count")+ # 设置坐标轴名称
      theme_bw() # 设置背景
    
    ggsave(filename = "go.png",height = 6,width = 10,units = "in",dpi=600) # 保存图片
    

    结果如图

    go.png

    剩下的小细节可以根据自己的喜好修改啦,比如配色,字体,背景线等等。

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