覆盖度，测序深度 理解,计算

横向——覆盖度（coverage）

所谓覆盖度，也可以理解成“有多少基因组区域被覆盖”，一般是一个百分比。比如我们的bam文件在chr1的覆盖度为70%，就表示只有30%的chr1范围内，一条reads也没有。

纵向——测序深度（depth）

测序深度是统计落在基因组区域中的总碱基数量，然后除以这个区域的长度。结果一般是1X、5X、10X这样表示。

计算覆盖度，测序深度方法

自用

• 根据目标区域提取bam信息（https://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/88975801）

  用bedtools根据目标区域bed文件提取bam信息

bedtools intersect -a results.sort.bam -b target.bed > target.region.bam

如果我们认为数据定量得到的基因表达量偏低，想看看基因区域的覆盖度和覆盖深度情况，基于此，从基因 gff 文件中提取bed位置文件，我们可以选第三列为外显子的行（$3=="exon"），不选第三列为基因的行，因为后者得到的bed文件往下算覆盖度和覆盖深度都低一些

• bamdst计算覆盖度 coverage 和 depth
  安装

cd /home/ytbao/bin
git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git
cd bamdst/
make
./bamdst -h
echo 'PATH=$PATH:/home/ytbao/bin/bamdst/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

计算 coverage 和 depth

bamdst -p target.bed -o ./ target.region.bam
-o：output dir，似乎指定不了，结果只能生成在.bed，.bam所在的目录

结果解读见 https://www.jianshu.com/p/ac7b8e4d76e4
可关注coverage.report，chromosomes.report，其他文件作用也挺大

• bedtools genomecov 计算覆盖深度depth
  用 bedtools genomecov 在基因组层面计算各个位点的覆盖深度，覆盖深度以单个碱基展示（-d参数），覆盖深度以bed区域的形式展示（-bg参数）

bedtools genomecov -ibam target.region.bam -bg

计算覆盖度，测序深度方法汇总：

bamdst；samtools depth；BAMStats；GATK DepthOfCoverage
https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/239/ samtools depth计算测序深度
https://www.jianshu.com/p/d4bcb507e5c2#tocbar--8jtfod

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参考：
刘小泽 https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/239/
https://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/88975801
TOP生物信息 https://www.jianshu.com/p/ac7b8e4d76e4