vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和 --remove-indv ,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。
具体用法如下:
下图为原始vcf文件。
只保留1和10号两个样品,执行以下代码:
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1--indv 10 > out.vcf
删除1号样品,执行以下代码:
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove-indv 1 > out.vcf
如果样品较多,也可将样品保存到文件 id.txt 中,每行为一个样品ID,格式如下:
1
105
然后使用下面两个选项对vcf文件保留或者删除样品。
--keep <filename> 保留样品
--remove
<filename> 删除样品
代码如下:
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf
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