Ubuntu生信起手式

作者: Angeladaddy | 来源:发表于2019-05-04 11:17 被阅读1次

    学习生信,最好的环境应该是linux跑数据+网页端RStudio写代码。最好有随时可以访问的一台linux服务器。 没有的话,开启win10的linux子系统也是一个不错的选择。

    下面开始配置环境。

    1. 安装R

    sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
    # will output:
    Output
    Executing: /tmp/apt-key-gpghome.4BZzh1TALq/gpg.1.sh --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
    gpg: key 51716619E084DAB9: public key "Michael Rutter <marutter@gmail.com>" imported
    gpg: Total number processed: 1
    gpg:               imported: 1
    
    sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
    Output
    ...
    Get:5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease [3609 B]                 
    ...                    
    Get:6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages [21.0 kB]
    ...
    
    sudo apt update
    Output
    ...
    Hit:2 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease
    ...
    

    You should install R with OpenBLAS. In plain terms, OpenBLAS will boost some operations and I want you to be a happy user. You can ignore this advice if you are going to work with relatively small datasets.

    sudo apt-get install libopenblas-base r-base
    

    check:

    sudo -i R
    Output
    
    R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
    Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
    Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
    ...
    Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
    'help.start()' for an HTML browser interface to help.
    Type 'q()' to quit R.
    
    >
    

    2. 安装RStudio Server版,

    https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

    sudo apt-get install gdebi-core
    wget https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
     sudo gdebi rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
    

    安装完毕后服务自动开启在8787端口,如果暴露给外网还要打开防火墙端口,建议使用ufw管理防火墙。
    我们还需要在系统中添加一个用户,用来访问RStudio:

    sudo adduser youname
    

    添加完成后,浏览器打开ip:8787就能访问了:


    image.png

    3. 安装gdc-client

    到这里下载最新版gdc-client

    wget  https://gdc.cancer.gov/system/files/authenticated%20user/0/gdc-client_v1.4.0_Ubuntu_x64.zip
    unzip gdc-client_v1.4.0_Ubuntu_x64.zip
    
    

    我们将得到gdc-client可执行文件,位于当前目录下,为了方便使用,我们还需要将其加入环境变量:
    打开~/.bashrc

    #通过修改.bashrc文件:
    vim ~/.bashrc 
    #在最后一行添上:
    export PATH=you gdc-client path:$PATH
    #生效方法:(有以下两种)
    #1、关闭当前终端窗口,重新打开一个新终端窗口就能生效
    #2、输入“source ~/.bashrc”命令,立即生效
    #有效期限:永久有效
    #用户局限:仅对当前用户
    
    

    4. 其它

    推荐使用xshell免费版与服务器进行ssh连接,虽然RStudio也自带终端,但xshell的上传下载命令lrzsz实在是太好用了(我们有时需要在win上下载manifeste文件,上传到linux进行数据下载),https://blog.csdn.net/liuruiqun/article/details/45921921

    下载数据中

    image.png

    这样我们无论何时下载好的数据都在服务端,我们可以随时随地开始分析

    相关文章

      网友评论

        本文标题:Ubuntu生信起手式

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/xycxoqtx.html