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热图绘制-fold change值-R

热图绘制-fold change值-R

作者: 小灰灰want_to_fly | 来源:发表于2018-09-25 16:16 被阅读9次

    setwd("D:/Desktop/all")    #设置工作目录,处理fold值数据

    library("pheatmap")    #加载pheatmap包

    data = read.csv('a1.csv',row.name=1)    #将文件a1.csv读入到data中

    data[data< -3]=-3    #对fold值进行处理,小于-3的均写成-3

    data[data>3]=3     #对fold值进行处理,大于3的均写成3

    pdf("a1.pdf")     #将热图存入文件名为a1.pdf中,也可不先输出,使用下一条语句查看热图情况

    pheatmap(data)     #绘制热图

    dev.off()     #保存并关闭文件

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