随着CFVisual的发表，作者前段时间抽了两天时间又将CFVisual做了一次升级。一直想写个推文，但是没有时间，忙啊。今天写，实属近几天迷茫了，总想做点什么，但劲头不够。本着不想浪费时间的心态，今日就写一下CFVisual的小推文。说实话，对于笔者而言，用户体验更好，基因结构图（内含子-外显子图）的表示形状更丰富，所能提供的基因结构元件的信息更多等等。。。
① Step 1
准备四个文件：newick格式树文件，基因结构文件，MEME结果文件，结构域结构文件（图1）。
图1
② Step 2
还想结合一些其他信息，比如信号肽等域的可视化（图2、3和4）。
图2
图3
图4
③Step 3
点击Start按钮，得到默认出图（图5）。
图5
④Step 4
要想得到最终能放到论文的图，树图一般要进行分类上色等处理（图6）。并根据自我喜好，对motif（图7）、gene structure（图8）、domain和singal_peptide等图元做一些格式变化和美化。
图6
图7
图8
为了方便写论文时描述外显子-内含子的长度和数量等信息，点击Statistics按钮（图8），即可弹出用户需要的信息啦（图9）——这是CFVisual的特色之一，作者最想复现的是GSDS的图（当然也是以最好的基因结构可视化工具GSDS为标杆啦——http://gsds.gao-lab.org/index.php），这个特色是GSDS没有的，嘿嘿，当然作者知道GSDS现在将来都应该是最好的基因结构可视化工具——说真的，网站其实还是有着比桌面应用不可比拟的优势：用户免安装，无系统顾虑，随时随地，有文件，有网络即可出图，这也是网站比桌面应用的巨大优势之一（虽然有网络挂机等问题，但这都不是事，说真的）！
图9
⑤Step 5
设置到各项参数之后，就点击Redraw，重新绘制即可（图10）。
图10
不满意啊，那就再改。。。（图11和12）
图11
图12
⑥Step 6
保存图片，放到论文中即可（图13）。
图13
哎呀，笔者还想改然后再保存。后悔了。。。（图14和15）
图14
图15
放置论文中的图（图16）。
图16
最后：如果有如何准备文件啥的更详细的疑问，参考笔者最初推广CFVisual写的简述推文：https://www.jianshu.com/p/97cb7c667d62 （CFVisual绘制Motif+基因结构+结构域+进化树+启动子图的单独或组合图）。本期主要是详细介绍了各个重要参数的使用和讲解。
网友评论