单细胞数据库

最近在处理单细胞数据，然后处理的物种要么是大鼠的要么是斑马鱼的，可是上网搜的话一般都是人和小鼠的单细胞数据库，算了做一番整理吧。要是有大鼠和斑马鱼的就更好了

一、human 和mouse的单细胞数据库

• 1. PanglaoDB

人鼠单细胞数据库，比较全面，数据库里面也有cell type Marker

• 2. Single Cell Portal - Broad Institute

界面不是那么好用，数据应该含有挺多物种的，也包括人和小鼠的

• 3.Single Cell Expression Atlas - EMBL-EBI

欧洲生物信息学中心，一共有 9 species, 52 studies, 61,073 assays。含有常用的物种，比如果蝇，斑马鱼，小鼠，大鼠，当然还有人的，但是物种的数据量不大。

• 4.SCPortalen: Single-cell centric database

人和小鼠的数据库

• 5.Mouse Cell Atlas

小鼠的数据库

二、celltype 所对应的细胞类型

• 1.CellMarker - 总结了目前的celltype对应的marker，同时给出了数据的文献链接。

• 2.signatureDB - B cell数据库

参考：
单细胞转录组聚类后的细胞类群如何查找数据库来定义
单细胞数据库汇总