阿利乌派异端问题
公元318年，利比亚教区主教阿利乌首次对三位一体提出了自己的解释：
基督既是上帝的儿子，他就是受造物，不能说基督既是受造物又是造物主。也不能说他是父亲又是儿子。圣子应该低于圣父！不能与圣父同体、同性！但他是最完美的首生的受造物。
上帝是神！不能说基督也是神！不然就变成了多神论。我虽然承认基督有神性和人性两种性质，但是，我认为在基督的本质里只表达人性。
阿利乌的言论遭到亚历山大里亚主教的反对，于公元321年，召开宗教会议。把支持阿利乌派的主教定为异端革除教籍。尼科米迪主教优西比乌支持阿利乌派的学说。
两派互相通函帝国各地。教会互相攻击！罗马帝国皇帝君士坦丁大帝采纳西班牙柯都伐主教何西乌的建议，于公元325年，在尼西亚城召开全帝国范围的宗教会议。参加会议的有318名主教，会议由何西乌主持。君士坦丁大帝反对教会分裂，希望平息争端并起草了尼西亚信经。当时支持阿利乌派的人占大多数，在辩论中占了上风。君士坦丁大帝强行通过信经，并镇压了阿利乌派，不接受信经的立即逮捕 。
尼西亚信经
我等信独一之神，即全能之圣父，创造天地，及一切有形无形之万物之主。
我等信独一之主耶稣基督，上帝独生之圣子，是圣父在万世之先所生，是从神所出之神，从光所出之光，从真神所出之真神，是生非造，是与圣父同体，万物皆借圣子而造；圣子为要拯救我等世人，从天降临，为圣灵感动之童贞女马利亚所生，成为人身，在本丢彼拉多手下，为我等钉十字架，被害而葬，照圣经之言，第三日复活，升天，坐在圣父之右；将来复必有荣耀而降临，审判生人死人，其国无穷无尽。
我等信圣灵即是主，是赐生命者，是从圣父、圣子所出，与圣父、圣子，同是当拜，当称颂者，众先知说预言，皆是被圣灵感动；我等信使徒所立独一圣而公之教会；我等信因为赦罪设立之独一洗礼；我等望死后复活，又望来世之永生。
阿门！
公元328年，阿塔纳修任亚历山大里亚主教，与同情阿利乌派的该撒利亚主教优西比乌发生论战！阿塔纳修坚决维护信经，于是双方在蒂尔召开宗教会议。君士坦丁大帝支持优西比乌，把阿塔纳修流放到高卢，并恢复了阿利乌的教籍和主教地位。
公元337年君士坦丁大帝去逝，罗马帝国由他的三个儿子分治。342年君士坦丁的两个儿子，西部统治者康士坦斯和东部统治者康士坦提乌决定在索菲亚召开宗教会议，解决教会争端。罗马教会把被东方教会革职的主教复职，派去开会。为此，东方主教拒绝参加会议。西方主教则趁机在会议中，把大部分东方主教革职，并树立罗马主教的权威！康士坦斯支持西方主教，而康士坦提乌则支持东方主教。
公元381年，东罗马帝国皇帝狄奥多西一世在君士坦丁堡召开宗教会议。会议谴责阿利乌派的异端教义，把支持阿利乌派的主教逐出帝国，此后阿利乌派向东方发展。
聂斯托利派二位二性说
公元428年，聂斯托利任君士坦丁堡主教。聂斯托利否认基督的神性与人性结合为一个本体，主张基督的神性附着在人性的本体上。因此，不同意玛利亚是上帝之母的说法，最多可以称为基督之母。
他的论点立即遭到亚历山大里亚主教奚利尔的反对，双方展开论战！亚历山大里亚与罗马结盟阻止君士坦丁堡的势力！430年罗马主教西莱斯丁一世在罗马召开地方宗教会议，支持奚利尔。
公元431年，东罗马帝国皇帝狄奥多西二世在以弗所召开宗教会议解决争端。奚利尔派首先到会。他们不等对方到达擅自通过决议，把聂斯脱利定为异端并撤职。几天后，以安提阿主教为首的聂斯脱利派主教到齐后，也自行开会。会议以奚利尔破坏会议为由将奚利尔撤职。罗马教会支持奚利尔一派，双方唇枪舌剑。东罗马帝国皇帝狄奥多西二世火大！将双方的主教都撤了职，奚利尔与聂斯脱利都不服！
公元433年，安提阿派不在支持聂斯脱利。奚利尔则同意安提阿的信经格式：所以我们承认我们的主基督，完全是人，也完全是神。因为两性联合在一起，我们承认一位基督，圣童贞女玛利亚是上帝的母亲。因为称为道的上帝成了肉身，成了人。籍着她的怀孕将上帝自己与她产生的肉身联合起来。
聂斯托利派并未罢休。
公元435年，帝国将聂斯托利派定为异端，争端才暂时解决。
一性论派与二性论派
公元444年，丢斯库若任亚历山大里亚主教。公元446年，夫拉维安任君士坦丁堡主教。
这时，有一个奚利尔派隐修院长尤迪克斯宣称：我们承认我们的主联合之先原有二性，但在联合之后就只有一性了。
公元448年，君士坦丁堡主教夫拉维安召开地方宗教会议，把尤迪克斯定为异端。亚历山大里亚主教丢斯库若攻击夫拉维安的宗教会议违背上帝意志！双方向罗马主教声援。罗马主教利奥一世表示支持君士坦丁堡：基督有两个完整无缺的本性，在两个本性均无所贬扬的情况下，两下集合拢来在一个位格里。
公元449年，皇帝狄奥多西二世在以弗所召开宗教会议，丢斯库若主持会议。会议的口号是：将那些把基督的性质分成两半的人劈成两半！
丢斯库若恢复尤迪克斯的职务，判决二性论者为异端，将夫拉维安及东方六名主教革除教籍！
公元451年，狄奥多西二世的继任者马西安在卡尔西顿召开宗教会议。马西安支持另一派，马西安宣布丢斯库若为异端，并修订信经：基督的神性与人性是同等完整的，按其神格而言，他与父同体，按其人格而言他与世人同体，但无原罪！按神格而言，他在万世之先，为父所生。按人格而言，他在末世之中，为救世人，由‘上帝之母’童贞女玛利亚所生。这同一个基督、圣子、主是独生的，处于两性之中，二性互不混淆、互不变换、互不割裂、互不分开。二性不因联合而失去区别，每一性的特点反而因此得以保全，并汇合于一个位格、一个本体之中。
公元457年，基督一性论派的提摩太任亚历山大里亚主教，461年基督一性论派的彼得任安提阿主教。于是埃及与叙利亚联合起来反对君士坦丁堡。彼得称：上帝曾被钉死在十字架上！
公元544年，查士丁尼一世召开三章辩论大会。会议谴责基督二性论的主教企图分裂教会，强制统一东西方各派。但教会各派论战只是暂时休战！
基督的意志问题
公元649年，基督教引发的新神学问题：基督是否具有两种意志，即神的意志和人的意志。导致教会持不同意见的人互相炮轰。罗马主教马丁一世宣布基督有两种意志，君士坦丁堡也表示基督有两种意志，新问题被立即压制下去！
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