《学习小组Day3笔记——普德》

安装压缩软件：bzip2

yum install -y bzip2

软件管理：Miniconda

Miniconda = conda + python + basepackages

  wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  # 下载
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安装
  conda #激活

添加国内镜像

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

使用Conda软件

• 查看软件列表

  conda list

• 搜索软件

# conda search + softname
  conda searc fastqc

• 安装软件

  conda install fastqc -y 
  conda install fastqc=0.11.7 -y  # 指定版本

• 卸载软件

  conda remove fastqc  # 不需要再指定版本

• 查看conda环境

conda info --envs

• 整合项目软件

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
source activate rna-seq
conda remove -n rna-seq fastqc -y
conda remove  -n rna-seq --all
# 需要退出当前环境

一些心得体会

• Liinux操作还是需要不断练习，实践实践再实践！

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