又过了十年，新一任教皇又打起了十字军的主意，他以消除教籍威胁神圣罗马的皇帝腓特烈二世出兵，而腓特烈二世也照做了。但腓特烈二世在登陆之后生病了，并没有直接去打耶路撒冷。而这位教皇也是个暴脾气，以为腓特烈二世要违约，竟然直接下达了革教令，打算将腓特烈二世赶出教会。
腓特烈二世
但这时的腓特烈二世对这一切毫不知情，依旧勤勤恳恳的向前推进。但当他到达了耶路撒冷王国的首都阿克里时，革教令也到了。这直接导致他麾下除了从神圣罗马帝国来的士兵，其他士兵全跑了，而他不可能用几千人的兵力去攻打耶路撒冷，所以他选择谈判。一般情况下，穆斯林是不可能基督徒谈判的，毕竟有宗教差异。但利益是人类的共同信仰，埃及苏丹为了对付叙利亚苏丹，与腓特烈二世达成协议，只要腓特烈二世派兵对付叙利亚苏丹，埃及苏丹就会将耶路撒冷拱手相让。
之后耶路撒冷也的确交给了腓特烈二世，但是有条件：保留耶路撒冷内的清真寺，以及穆斯林可以自由出入圣城。虽然这是一场不流血的战争，但不管是东方还是西方都对这场东征不满。基督徒责备腓特烈二世不是以真大光明的战斗从异教徒手中夺回圣城。而穆斯林则不满埃及苏丹的决定，认为这是背信弃义。
第七次十字军东征是法国的路易九世发起的，他立下誓言，只要病好了，就一定要拿起十字架，把穆斯林控制的巴勒斯坦恢复给基督徒。他和匈牙利的安德鲁二世、奥地利的利奥波德六世公爵一样，决定在埃及发动战役。但就像第五次十字军东征的领导人一样，他也没能攻下开罗，还在远征埃及首都时被俘虏。在支付了赎金后被释放。出狱后的他他立马出发前往圣地，为另一场战役提供军事支持。然而在1254年，法国传来了他母亲去世的消息，他又回到了法国，将圣地又交到了穆斯林手中。
圣徒路易九世
而其实到这时，欧洲的百姓也认识到十字军就是披着宗教外衣的战争，所以十字军的名号已经无法吸引人民自主加入了。但路易九世不甘心，他想要一雪前耻，所以不顾大臣的劝阻，毅然决然的组建起自己的军队开始进攻北非的突尼斯。但十字军登陆突尼斯不久，军队就染上了瘟疫，在行军过程中已经死亡了大批士兵了，而路易九世也染上了恶疾病逝了（巴巴巴罗萨附体）。还没开打领导者就死了，这仗怎么打。所以腓力三世——路易九世的继承者接管了军队，疾病对军队的实力和士气都有巨大的打击，腓力三世也只好班师回朝了。
而这时，未来的英格兰国王爱德华一世发起了第九次十字军东征，路易九世去世时，他正在前往突尼斯的途中。爱德华在西西里越冬，并于1271年登陆阿克里，希望为基督教事业赢得支持。然而，人们对另一次十字军东征兴趣不大，当爱德华得知他父亲生病的消息后，他回到英国，结束了在圣地的十字军东征时期。
纵观两百年的十字军东征时期，不难发现其实十字军越往后越奇葩，各种荒谬现象层出不穷。原因之一是参加者的社会成分繁杂不一，武器装备上极不统一。而真正导致东征失败的其实是人内心的贪婪和对绝对利益的痴狂追求。比如说，第五次十字军东征的领袖红衣主教彼拉吉，原本可以接受埃及苏丹的谈判条件，退出埃及不费一兵一卒得到耶路撒冷。但他狂傲的认为以自己的兵力可以直接占领整个埃及，结果战败了，不仅得不到耶路撒冷，连费劲千辛万苦占领的达米埃塔也要交出。再比如，路易九世为了争一口气，垃了一堆士兵和他一起陪葬。还有腓特烈二世明明帮助基督徒得到了耶路撒冷，但教皇格列高利九世却丝毫不领情，还用什么“和异教徒谈判得到的圣城不光荣”这样的理由恶心他。十字军东征中充斥着各种闹剧，底层的士兵以为他们是为了伟大的耶稣基督而战，其实他们只是权贵们追求利益的筹码。这场持续两百年的“圣战”看不到一点属于天堂的神圣。
搅浑水，我们是专业的
至于十字军东征的主要目标——占领耶路撒冷和基督教圣地也都失败了，但对中世纪的欧洲和中东都产生了巨大的影响。它们促进了思想交流，在科学、文学、医学、建筑、商业和交通运输等方面留下了深刻的烙印，东征的多次失败也有助于削弱欧洲的封建制度和巩固欧洲的君主政体。然而，十字军东征表面上加剧了基督教和穆斯林世界之间的紧张关系，实则是在加剧了基督教东西方之间分裂。
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