一直以来苏俄将新疆视为自家势力范围，不许任何人插手，其中包括中国共产党。但随着局势的发展，苏联的对疆、对中共政策发生了变化。
1948年底到1949年初，人民解放军在战场上不断取得胜利，苏联看到国民党败局已定，决定全力支持中共夺取全国政权。
1949年1月31日至2月7日，苏联部长会议副主席、苏共中央政治局委员米高扬受斯大林派遣，秘密出访西柏坡与中共领导人会谈。当讨论到新疆问题时，米高扬表示：
“我明确地宣布，我们不赞同新疆少数民族的独立运动，对于新疆的领土更没有野心，我认为新疆已经是，而且应该纳入中国版图”。
苏联做此表态除了向中共示好外，更是出于自身利益考虑。1949年春，苏联获取美国力图插手新疆的情报，美国企图将西北“五马”回族军阀撤到新疆，与新疆国民党驻军结合，组织“大伊斯兰教共和国”。
苏美意识形态领域分歧巨大，如果美国人计划得逞，“大伊斯兰教共和国”肯定会成为反苏的前沿阵地，会不断影响和支持苏联境内穆斯林民族反俄分离势力，严重阻碍苏联在中亚推行的社会主义化进程，对苏联而言，无疑是很严重的威胁，相比之下，如果新疆能由中共接手，则情况会好得多。因此，苏联转变新疆策略，紧急要求解放军加速进军新疆。
实际上，在中共进军全国的战略部署上，新疆尚未列入战略进攻的主要方向。在苏联的要求之下，1949年6月26日，毛泽东致电指挥西北作战的彭德怀，如进展顺利，可于“明年春季或夏季占领新疆”。7月20日彭德怀报告，已消灭胡宗南5万余人，计划“明（1950年）春夏入新疆”。
然而，苏俄对这样的安排很不放心，斯大林极力想让中国共产党提前解放新疆，斯大林提出，中共不应当拖延占领新疆的时间，因为拖延会引起美英对新疆事务的干涉。为了让中共早下决心，苏联表示愿意提供40架歼击机及其他的军备物资，帮助中共军队迅速入疆。
毛泽东非常重视斯大林的建议，于7月23日给彭德怀发去电报说，苏联极盼中共早占新疆，并且可给以种种援助，包括几十架飞机助战，建议彭德怀“冬季即占领迪化，不必等到明春”。接着，毛泽东又致电斯大林说，中共“同意派邓力群（当时正在苏联）去新疆，其任务是在那里建立和北平的无线电联络”，并通告斯大林，如果战事进展顺利，今冬就有可能占领迪化。
进疆的任务迅速提前，而中共对新疆的具体情况却一无所知。中共决定派访苏代表团政治秘书邓力群，以中共中央联络员的身份，从莫斯科赴伊宁，邓力群率领3名报务员和一部电台从莫斯科出发，途经阿拉木图，于1949年8月15日，辗转来到伊犁建立“立群电台”，开始与莫斯科和北平通电，以便莫斯科和北平能及时掌握新疆的情况。
此时的新疆局势也发生了很大变化，当地的军政负责人都换了。
1948年,宋希濂调回内地参加国共内战，西北军政长官公署副长官陶峙岳担任新疆警备部队司令，统领国军新疆军务。陶峙岳是抗日名将，参加过沪松抗战，只在1930年与中共军队交战过一次，不是蒋介石的嫡系将领，与张治中交好。
1949年1月，国民党当局免职了沉溺于推行泛突厥主义的麦斯武德，再一次改组了省政府，任命包尔汉为新疆省政府主席。包尔汉倾向社会主义，也十分敬佩张治中将军，包尔汉在就职演说：
“本人代表中央政府，作为全疆人民忠实公仆，本着中央意旨，在张长官领导之下，誓为执行和平条款，实行施政纲领而努力。”
1949年8月20日，邓力群将此间了解到的新疆情况，以及张治中在新疆的巨大声望报告了中央。此时张治中正在北平，1949年4月国共和谈破裂后，张治中等国民党和谈代表决定留在北平。
1949年8月26日，中国人民解放军西北野战军解放兰州，挥兵西进，直插张掖，解放酒泉，兵临玉门关，直逼新疆。
根据这些情报，毛泽东于9月8日在中南海约见了张治中，希望他能够致电新疆军政首脑，促使其归向中共阵营。张治中遵照毛泽东的指示，当即草拟电文，诚恳敦促新疆的陶峙岳、包尔汉发动和平起义。
9月14日，邓力群在苏联驻迪化副总领事叶谢也夫的陪同下，从伊宁飞赴迪化。16日，邓力群与陶峙岳、包尔汉等进行正式谈判，商议和平起义事宜。
1949年9月25、26日，新疆军政方面陶峙岳、包尔汉分别通电起义。宣布与国民党广州政府断绝，接受中共的八项和平声明，将省政府改组为新疆省临时人民政府，暂时维持全省政府，听候北京的中央人民政府命令。
省政府通电起义后，迪化和全疆并不稳定，起义部队中的反共顽固分子发动叛乱，社会谣言四起，政局不稳。包尔汉十分担心，通过邓力群向中共中央发电称：
“本省危机四伏，情势严重，务希转饬西来之人民解放军兼程来新，以解危局，并慰人民之热望。临电无任迫切翘企之至。”
此时距离迪化最近的部队是西北野战军所属第四军、第二军，驻扎在酒泉。从酒泉到哈密有600公里，从哈密到迪化还有600公里，路途遥远，沿途荒无人烟，补给困难，正常行军十分缓慢。苏联又一次伸出援助之手，从1949年11月6日开始，到1950年1月15日止，苏联帮助解放军从酒泉空运到哈密的人员有2908名，由哈密空运到迪化的人员有9538名。就这样，在苏联的许可和帮助下，中共解放军入疆。
解放军入疆后，在伊方民族人民军的配合下，很快肃清了部分不愿投降的国民党残余势力及乌斯曼、尧乐博斯等负隅顽抗的地方武装，取得了军事上对新疆的绝对控制。中华民国在新疆的存在彻底终结，中华民国新疆省成为一个历史名词（完）
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