文章title
今天解析一篇经典的遗传学文章。这也是遗传定位的经典文章。这是发表在nature genetics上面的一篇Letter。虽然不是article文章，但也还是具有很高的价值。
水稻落粒性状对于农业生产具有重要影响。培育低落粒性状的水稻品种对于农业增产具有重要促进作用。在前期的研究中，科学家发现qSH1和sh4 影响水稻的落粒性状。
Konishi,
S. , et al. (2006). Li, C. , & Sang, Z. T. .
(2006).
在这篇文章中，作者发现，除了qSH1和sh4 影响水稻的落粒性状，这一相对性状似乎还受到其他基因的调控。具体如下：
作者们发现栽培稻与野生稻在形态以及水稻主穗分支上存在巨大差异。栽培稻（日本晴）在株型上是紧凑型的，而野生稻的株型相对松散。由于野生稻的主穗具有一个bump structure,因此穗型变得不紧凑。因此选择将栽培稻与野生稻进行杂交，以此来定位穗型调控基因。
野生稻与栽培稻表型差异
通过杂交实验，作者发现调控株型的基因定位在4号染色体上，并命名为SPR3。之后构建不同的NIL（近交系）群体，作者发现近交系包含来自栽培稻的SPR3片段的表现为紧凑穗型。
NIL群体的穗型表型
进一步的实验发现，紧凑型的穗型相比于松散型的穗型将种子保存在穗上的时间更长。紧凑型的穗型同时也能减少花粉的外交率。对于保持种子的活力比松散型的穗型更好。
紧凑型穗型减少种子落粒及外交率
接下来，作者利用精细定位方法定位到OsL1就是SPR3这一QTL对应的基因。在这里，虽然作者将mapping区间缩小到9.3kb的区间，却发现这9.3kb的区间并没有一个注释的基因。通过在这区间的上下游找注释基因，最后才将下游的OsLG1确定为目标基因。这也告诉我们定位时一定要注意目标基因不一定在定位区间内，需要同时考虑区间以外的区间。
SPR3精细定位
最后，作者通过对不同野生稻与栽培稻在这一区间的序列多态性分析，发现这9.3kb区间在栽培稻中收到了很强的自然选择。
9.3kb区间在栽培稻中受到很强的选择，多态性低
这是我们组会时候我汇报的文章。之所以选择讲这篇文章，一是这个定位过程和我目前做的是一样的。二是这个定位结果出乎我的意料，目标基因居然不在mapping区间内，这提醒我们定位区间不一定十分准确。最后，作者没有进一步研究OsLG1的分子机理，反而直接研究这个基因在进化方面的功能也给我们打开了基因研究得新思路（虽然这是常规操作，但还是打开了我的视野）。当然组会汇报都是全英文汇报，老师鼓励全英文环境。
网友评论