莲花（张氏）手法医学吸纳了古今中外诸门医学学说之精华，以古中医学系统辨证思维为根基，不断吸纳当今最新的医学科学理论，是一个不断成长的开放医学体系。莲花手法医学目前有二十六部理论支持，有丰富且独立的手法技术保证，以及充分的临床实践支撑。
莲花医学认为，人类生命系统的控制不是单向度的，在数亿年的生命进化过程中，更高一级的生命体不断地吸纳整合单细胞生物、微生物等微小的生命体，最终演化出了人类这一生命体。例如，人体细胞里的线粒体，最初就是由某个单细胞生物俘获的另一单细胞生物，而每个人的肠道里，都生存着百亿计的微生物菌群，它们绝大多数都是益生菌，为饮食营养的吸收、人体免疫机能的强化发挥着重要作用。
这些原本独立的生命体成为一个整体后，相互依存，相互制约，从而形成了一个更加复杂的人体。同样，我们人体的五脏六腑以及大脑等器官，它们的运作原理都不是独立的，也不是简单的分工或指挥。因此，人体的某一方面、某一部位出了问题，就不能只考虑局部的、单方面的治疗，而需要在人的整体层面去把握和解决。
面对如此错综复杂的生命规律，我们的先人从“天人合一”的哲学理念出发，将阴阳五行理论纳入到中医学，以把握脏腑组织之间的复杂关系。例如，水、火、金、木、土这五行分别代表人体的肾、心、肝、肺、脾五脏，其中，水克火，亦即肾脏对心脏的功能有平抑作用，火克金，亦即心脏对肺脏的功能有调控作用，那么按一般的逻辑推理，水应克金，也就是肾脏对肺脏也为“克”，但五行关系中却为“金生水”，也就是肺脏对肾脏的功能有支持作用。由此就可以看出，古中医学的整体观超出简单的线性逻辑思维。进一步，火克金，若心火自身太弱，则不仅不能克制肺金，反而会受到“反克”，也就是“金侮火”。再进一步，脏腑五行配合上阴阳、表里、虚实、寒热这“八纲”，对于人体系统的把握就更加复杂而灵活了——这也就是中医学辨证论治思维的核心所在。
莲花医学并不直接使用古中医学的阴阳五行学说，而是在更高的哲学层面，继承发扬了古中医学的辨证论治思维，并接轨结合于现代医学科学的理论成果。
下面，就以肠胃病为例，阐述莲花医学特有的辨证论治体系：
首先，针对绝大多数的肠胃病，要从肠系膜与胃筋膜的层面解决组织的结构性问题。举例来讲，如果人体的腰四椎发生病变，那么将在很大的可能性上导致肠胃的功能受阻，例如，腰四椎膨出或滑脱，会带给肠系膜及结肠以过度的张力，容易诱发消化不良、腹痛腹胀、结肠息肉、盲肠炎等病症。
莲花医学处理此类问题时，绝不使用强力去解决腰四椎的变位或变形，而是运用符合人体结构规律的柔性手法进行修复，并运用筋膜松弛技术松解受限的腰四椎与结肠、肠系膜之间的张力，从而让相关肠胃组织的运作恢复正常。
在此之上，莲花医学运用中医学的经络穴位技术，解决相关腧穴与墓穴对肠胃功能的干涉问题，从而让胃与小肠、大肠恢复正常的功能律动。
莲花医学强调人体是一个交互复杂的整体系统，对于肠胃疾病，常常会从腿部、手部或头部反射区入手来进行全息调理。
莲花医学认为，人体某一部位出现的病症，乃是人体内部环境整体恶化的产物，对于肠胃疾病而言，绝大多数都与体质寒湿有关，只有祛除寒湿，以及消解外界的不良应力，我们的组织、器官才能达到良好的自我律动。因此，莲花医学在疾病康复中，非常注重调理体内环境，改善相关组织、器官的生存环境。
莲花医学认为，万病始于淤堵，万病不离血瘀。对于肠胃病而言，改善肠胃组织的血循环，尤其是微循环机能，是至关重要的一环。在此方面，莲花医学运用古中医学的智慧，以汗、吐、下、和、温、清、消、补这内治八法，改善肠胃局部和整体的血循环，从而促进肠胃疾病的康复。
莲花医学在古中医学之上，同时吸收了祖国道医学独到的医理医法，对于肠胃病追本溯源，认为人身的先天魄门与后天魄门乃是人体疾病的两大开关，针对肠胃病，亦从先、后天魄门入手，去邪气，扶正气。
莲花医学与现代中西医的一个重要分别，就是现代中西医在疾病的治疗过程中，绝大多数都把身与心看作两个系统，而莲花医学则与古中医学一致，非常强调身心一体之同治，在疾病康复中的至关重要性。
对于肠胃病，莲花医学认为一个人的思想、情绪与其肠胃健康有很大的关系。例如，一个思想固执或焦虑忧郁的人，其身体出现肠胃病的几率要远高于心思平和之人，对此，莲花医学运用相应的身心情绪释放技术来解决此类由思想、情绪造成的肠胃疾病。
莲花医学认为，肠胃肿瘤以及其他重大的肠胃疾病，最主要的致病因素乃是来自长期的不良情绪，要想获得真正的康复，首先必须要释放胃部与大小肠中储存的创伤情绪印痕。
最后，莲花医学呼吁：现今的中西医同仁，一定要尊重身心一体的生命，不能盲目陷入现代科学的微观分割思维，而应在医疗理念上“返璞归真”，汲取古中医学的智慧，将生命与疾病放在更高的维度看待，并非医治人的病，而是医治病的人！
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