cutadapt用法案例

详细的教程官方已经给出。
这里记录自己常用的方法：

什么是 5’接头，就是一段序列之后跟了adapter。 XXXXXXXXXXXXXXadapter
什么是 3’接头，就是adapter在序列开始。 adapterXXXXXXXXXXXXXX

假如说我的情况属于第一种。就使用-a参数。
属于第二种，就使用-g参数。举例：

cutadapt -a adapter=ATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAC -O 10  -o  G18E2L2_R1.p1.fq  -r  R1.p2.fq --info-file=R1.cutadapt.log  /your/fastq/fastq_1.fq.gz > R1.cutadapt.stats
cutadapt -g adapter=CACAGCGACCTCGGGTGGGAACACCTTGTTCAGGTCT -O 10  -o  G18E2L2_R2.p1.fq  -r  R2.p2.fq --info-file=R2.cutadapt.log  /your/fastq/fastq_2.fq.gz > R2.cutadapt.stats

参数：-O MINLENGTH, --overlap=MINLENGTH
Require MINLENGTH overlap between read and adapter for an adapter to be found.
Default: 3
-r:表示将截掉的序列保存在R2.p2.fq文件中。
--info-file：输出log文件。
stat文件是记录adapter的详细过程，最好像我一样重定向到一个文件方便日后查看。默认屏幕输出。

stat文件部分内容截图

cutadapt结果默认会trim掉adapter和adapter之后（3'的话是之前）的序列，所以，如果你只想切掉adapter，想保留adapter之前和之后的序列，那么就需要从log文件中提取出序列来了。

cutadapt结果log文件处理：
log文件格式是以下这样子的。

log文件

这里面存储着三种类型的格式。
可以将adapter两端的reads分别输出到p1，和p2文件中。
用法：脚本自己写的，很实用！
python deal_cutadapt_log.py xxx.cutadapt.log /result/dir/
就会得到
xxx.p1.fq 和 xxx.p2.fq两个文件，代表着adapter之前序列和adapter之后序列。
该脚本还可以选择保留或者删除log文件中没有adapter 的序列。