Samtools安装

下载

• 网址：http://www.htslib.org/download/
• 下载Samtools当前版本的源码(Download current source releases)：https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.15.1/samtools-1.15.1.tar.bz2

mkdir ~/biosoft/samtools
cd ~/biosoft/samtools
wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.15.1/samtools-1.15.1.tar.bz2
tar xjvf samtools-1.15.1.tar.bz2

解压之后，多了一个文件夹samtools-1.15.1，里面有很多个文件，其中有一个configure文件，用于配置安装变量。

安装

从源码安装软件：

cd samtools-1.15.1/
./configure --prefix=/home/adong/biosoft/samtools
make
make install

如果configure命令运行报错，可根据提示安装相应缺少的库文件。这里缺少两个库文件： sudo apt install libbz2-dev liblzma-dev

把可执行文件所在bin文件夹放到环境变量$PATH中，方便在任何路径运行程序：

echo 'export PATH="/home/adong/biosoft/samtools/bin:$PATH" ' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc

使用

通过直接输入samtools查看其有哪些命令:

$samtools

从上面命令输出可以看到，大致有5类命令：Indexing,Editing,File operations,Statistics,Viewing。
常用命令的使用方法可以参考：https://www.jianshu.com/p/6b7a442d293f