近年来环状RNA的研究如火如荼，但鉴于circRNA的外显子来源特征，以及相对较低的丰度特征，使用传统的RNA-seq策略直接进行系统的鉴定分析比较困难。而富集circRNA然后使用RNA-seq进行分析就成了circRNA研究的首选。circRNA的闭合环状结构赋予了其特殊的性质——耐受核酸外切酶，例如RNase R。因此，基于RNase R的富集策略成了circRNA研究的重要手段。但是，基于已有的RNase R富集circRNA测序发现，这种处理也很难达到预期的效果，线性RNA，尤其是高丰度线性RNA的占比还是很大，如何进一步提高circRNA的富集效果就显得尤为重要。今天分享的这项研究就是巧用polyA RNA富集策略达到进一步富集circRNA的目的——RNase R treatment followed by Polyadenylation and poly(A)+ RNA Depletion (RPAD)。
RPAD
三言两语
1. RPAD原理：首先使用RNase R进行线性RNA的去除，这种处理方式会有比较多的线性RNA残留，为了进一步提高线性RNA去除效果，研究者对剩余RNA进行加A尾处理，因为只有线性RNA才能加上A尾，如此在结合使用polyA RNA富集的策略将加上A尾的RNA去除，剩余的即为富集的circRNA。
2. 使用RPAD方法，可以鉴定到更多丰度偏低的RNA，并且可以进行circRNA的大规模定量分析。
Reference
Panda, A. C. et al. High-purity circular RNA isolation method (RPAD) reveals vast collection of intronic circRNAs. Nucleic Acids Res (2017).
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