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基因组学5-利用faSomeRecords根据基因ID提取基因序

基因组学5-利用faSomeRecords根据基因ID提取基因序

作者: blue_unique | 来源:发表于2020-05-26 22:18 被阅读0次

    安装

    从该网址下载其安装脚本:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

    我一般都是保存在bin目录下,cd到该目录

    运行命令行:

    $ chmod +x faSomeRecords #赋予文件可执行权限,为Linux系统下执行

    写到环境变量

    echo export "PATH=~/bin/faSomeRecords/:$PATH" >> ~/.bashrc 

    .     ~/.bashrc

    vim 创作一个 保存基因名字的文件

    图1

    faSomeRecords ref.cds.fasta id.txt query.fasta

    #在该目录下存储着参考基因组的cds文件,即ref.cds.fasta

    图2

    图2是提取的结果。

    ------------------写在后面

    非常实用的软件,用来提取目标基因序列,当然也包括蛋白,做法和提取基因的一样。

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