根据基因location获取基因ID

作者: 落寞的橙子 | 来源:发表于2019-02-03 05:40 被阅读5次

    Get gene name from location
    hg19
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("Homo.sapiens")
    https://www.biostars.org/p/167818/
    library(Homo.sapiens)
    library(dplyr)
    genes(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
    rt<-read.table("macs.out.txt",header = T,skip=16,sep = "\t") #skip了16行
    mycoords.gr<-rt[,1:3] %>% makeGRangesFromDataFrame # 前三列为chr 、 start、 end,构建符合条件数据结构
    geneid<-subsetByOverlaps(genes(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene), mycoords.gr) #获取基因id
    write.csv(geneid,"geneid.csv")#输出结果

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