单细胞HLA分型工具 scHLAcount

scHLAcount允许我们使用个性化的参考基因组计算HLA I类基因HLA-A、B和C的单细胞转录组序列数据中的分子数；和HLA II类基因DPA1, DPB1, DRA1, DRB1, DQA1, DQB1。可以使用由替代方法确定的提供的HLA类型，也可以使用此工具分析HLA类型，然后根据这些调用进行量化。

scHLAcount可用于检测HLA基因的等位基因特异性表达。
它也可以通过将细胞特异性计数叠加到基于t-SNE投影的表达上来评估杂合性的丧失，并寻找完全丧失单倍型的聚类。使用scHLAcount也可以评估HLA表达的一般损失，在此任务中，它比默认的Cell Ranger表现得更好，特别是在样本具有与参考样本不同的HLA单倍型的情况下。

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下载：

https://github.com/10XGenomics/scHLAcount

下载地址：

https://github.com/10XGenomics/scHLAcount/releases

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下载Source code (tar.gz)

当前版本：scHLAcount-0.1.0.tar.gz

源码安装：（失败）

tar zxvf scHLAcount-0.2.0.tar.gz
cd scHLAcount-0.1.0/
$ cargo build --release
Command 'cargo' not found, but can be installed with:

sudo snap install rustup  # version 1.22.1, or
sudo apt  install cargo   # version 0.44.1-0ubuntu1~20.04.1

image.png image.png

不成功，失败了。

2. 直接下载编译好的。（成功）

直接下载sc_hla_count_linux 并且 chmod 755 sc_hla_count_linux

测试：

image.png

测试test目录下的文件：

cd test/

../sc_hla_count_linux --bam test.bam --cell-barcodes barcodes7.tsv -g genomic_ABC.fa -d fake_db/

正式使用：

目录：

cd scHLAcount-test

./sc_hla_count_linux --bam /outs/possorted_genome_bam.bam --cell-barcodes barcodes.tsv -d /cygene/database/imgt-hla

备注：

Allele_status.txt这个文件来自 https://github.com/ANHIG/IMGTHLA

database中只需要下载：hla_gen.fasta, hla_nuc.fasta。

barcode文件不能用压缩文件，否则会报错。

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没有报错！

成功

其他HLA分型工具：点击下面链接查看

1. WGS，WES 数据HLA分型工具：HLAscan
2. 10X单细胞RNAseq数据HLA分型工具：scHLAcount
3. WES数据只能检测ABC三种结果的: OptiType