这是一篇纯生信的3.5分文章,主要涉及的是小RNA: phasiRNA
。小麦的基因组前两年才发表,而类似的研究以前在水稻中做过比较多,因此对于做小麦的科研人员来说是一个可以做一做的点。
这个课题我是全程参与的,2019年1月的时候我大四,正在深圳实习,转岗后项目组组长李哥很关心我们这些实习生,希望我们能在公司实习期间有所收获,所以当时在项目组的几个实习生每人都负责了一个小课题。
大四那一年很想发文章,这一年做了三个课题,毕业课题被评为学校的优秀毕业论文,当时回学校做了三次答辩,每一次答辩下来都有老师问我,这都是你做的?在公司实习有一个群体遗传的课题中途做不下去就放弃了,还有一个小RNA的课题发了这篇文章。
这篇文章的分析和可视化90%是我做的,但写文章和讲故事是合作的老师做的,再加上自己是公司的人,因此最后这个老师共一排一兼通讯我是服气的。
一句话总结:一个在相关领域有所积累的老师+一个勤劳的实习生合作完成了这一篇3.5分的纯生信文章。
最后放两张文章里面的图,因为看过很多次我已经看不出任何美感了,不知道大家怎么觉得:
最后放几篇我写的小RNA的贴子,网上这类的贴子其实并不多,有的那些很难比我写得好。
small RNA学习(一):GEO数据下载
small RNA学习(二):原始数据去3'端adapter
small RNA学习(三):参考序列下载
small RNA学习(四):鉴定&注释产生小RNA的基因
算法:大规模鉴定phasiRNA的方法
small RNA学习(六):计算已知miRNA的表达量
small RNA学习(七):小RNA的靶基因预测
small RNA学习(八):降解组分析
几篇文献
1. 利用大豆小RNA图谱鉴定来自编码基因区的phasiRNA
2. 拟南芥的miRNA表达图谱
3. 利用小RNA测序和降解组测序鉴定玉米雌穗发育过程中的miRNA及其靶基因
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