文献推荐-CpG甲基化标记预测早期肝癌的复发

CpG Methylation Signature Predicts Recurrence in Early-Stage Hepatocellular Carcinoma: Results From a Multicenter Study

一 研究背景：

• 早期肝癌的发生率持续增加，其中很大一部分会复发。因此急需鉴定复发相关的marker。

二 知识积累：

• CpG岛：CpG双核苷酸在人类基因组分布不均一，在某些基因组片段高于正常概率，被称为CpG岛，主要位于启动子和第一外显子区域，约有60%以上基因的启动子含有CpG岛。
• CpG甲基化：70%-90%的CpG是被甲基化的，而CpG岛则是非甲基化的。当CpG岛出现甲基化时，多与肿瘤相关。
• 焦磷酸测序
• Cox回归模型：比例风险回归模型，以生存结局和生存时间为应变量，同时可以分析众多因素对生存期的影响，能分析带有截尾生存时间的资料。多因素分析方法。

三 技术流程：

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• 探索阶段：66个早期HCC病例被从347个HCC病人中诊断出来，通过LASSO和SVM算法筛选CpG，然后将结果取交集。
• 训练阶段：用281个HCC样本做惩罚性Cox回归得到风险指数
• 验证阶段：candidate CpGs用一个内部验证和两个外部验证进行

四 结果与结论

1. 统计病人临床样本信息

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576个病人的随访时间的中位数是55.6个月（范围：8-136个月）。52.6%的病人复发，38.9%的病人死亡。303个复发病人中，38 patients (12.5%) underwent resection, 49 patients (16.2%) underwent ablation, 139 patients (45.9%) received TACE, and 77 patients (25.4%) received no further treatments. For the entire cohort, the 1- and 5-year RFS rates were 78.8% and 46.6%, respectively, and the 1- and 5-year OS rates were 93.9% and 66.6%, respectively.

2. 选择Candidate CpGs

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先用差异基因筛选的方法，得到2550个差异CpGs，然后用lasso和SVM各自筛选差异CpGs，取交集，最终得到14个CpGs。

3. 用筛选出的46个CpGs对66个样本进行聚类验证，看是否能区分复发和非复发。再用惩罚性cox回归继续narrow down 这些CpGs

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对于Cox: risk score = (0.1043 methylation level of SGIP1) + (21.125 3 methylation level of SCAND3) + (20.085 3 methylation level of PI3).

最终挑出了三个CpGs （cg20657849, cg19406367, and cg19931348）

4. 四个数据集的生存分析

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这里的重点是训练集，内部验证和外部验证的数据集都是怎么划分的。

5. 预测的nanogram

预测个体的复发几率 表一：多因素RFS分析 建立预测模型

在训练集中建立预测模型，将临床因素也考虑进来，如肿瘤分化，HBV，抗病毒治疗

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