PlasFlow预测质粒

作者: 胡童远 | 来源:发表于2021-10-28 17:00 被阅读0次

PlasFlow预测质粒
SnapGene简单入手（二）
「生信软件」细菌质粒组装
质粒图谱4大要素
实验复盘㈣----重组质粒DNA小提
使用plasmidID软件组装细菌质粒(reference-ba
质粒载体Plasmid Vectors
SnapGene简单入手(三)
质粒的提取原理
如何快速了解新接触的质粒(七)

标题：PlasFlow: predicting plasmid sequences in metagenomic data using genome signatures
杂志：Nucleic acids research
时间：2018
单位：波兰科学院
被引：170（2021.10）

Plasflow相比cBar预测效果更好

预测质粒工具
cBar：https://cge.cbs.dtu.dk/services/PlasmidFinder/
PlasmidFinder：https://cge.cbs.dtu.dk/services/PlasmidFinder/
Recycler：https://github.com/Shamir-Lab/Recycler

PlasFlow GitHub: https://github.com/smaegol/PlasFlow

安装

conda install plasflow

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从宏基因组数据挖掘生境中隐藏的DNA暗物质——质粒

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「生信软件」细菌质粒组装
pATLAS smaegol/PlasFlow BU-ISCIII/plasmidID phac-nml/mob-...
质粒图谱4大要素
质粒解剖质粒四大要素：一、复制起点：控制着质粒的复制，并决定了质粒的宿主和拷贝数； Ori 是质粒的复制起点（...
实验复盘㈣----重组质粒DNA小提
质粒提取原理从细菌中分离质粒DNA的方法包括三个基本步骤：培养细菌使质粒扩增，收集和裂解细胞，分离和纯化质粒DN...
使用plasmidID软件组装细菌质粒(reference-ba
细菌质粒相比较于细菌染色体基因非常容易发生水平转移，质粒可从环境中获得质粒或丢失掉。质粒的存在往往有利于细菌的生存...
质粒载体Plasmid Vectors
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SnapGene简单入手(三)
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质粒的提取原理
质粒提取是指去除 RNA，将质粒与细菌基因组 DNA分开，去除蛋白质及其它杂质，以得到相对纯净的质粒。目录一、...
如何快速了解新接触的质粒(七)
“会读质粒图谱才能用好质粒。” 前面各个部分分别介绍了质粒的分类，复制起点，启动子，抗性以及蛋白纯化和鉴定标签，这...