笛卡尔的理论是最极端的二元论。尽管他的理论很极端，但总的说来，这一夸张的理论却阐明了二元论的问题。笛卡尔区分了两种存在：精神的（心灵或者笛卡尔所说的“精神实体”）和物质的（身体或“物质实体”）。笛卡尔《第一哲学沉思集》的副标题有这样的文句：“论……心灵和身体间的区分”。（事实上，他第一稿的副标题是“论……灵魂不朽”。但有批评家指出，笛卡尔并没有在任何地方提过灵魂不朽，更没有证明灵魂存在，于是笛卡尔用心灵与身体间的绝对区别来更改了副标题。笛卡尔认为更改后的副标题至少可以使灵魂不朽成为可能。）在笛卡尔看来，身体就是“有广延的东西”（res extensa），它的特征是：广延、大小、形状、位置、可分性、运动以及静止。与身体相对的就是心灵（灵魂或自我），它是“在思维的东西”（res cogitans）。笛卡尔问道：“什么是在思维的东西呢？它是一种能怀疑、理解、构思、断言、否定、有意志、会反驳的东西，同时它还能够想象和感觉。”身体和心灵这两种“东西”完全不同，而且能够彼此独立存在。
笛卡尔说：
我已经正确得到这样的结论：我的本质仅仅在于我是一个思维的东西（或者是一个实体，它的全部本质或者本性就是思维）。尽管可能（或者说，像我将要说的那样）我有一个身体，它与我紧密相联。然而因为一方面，我对自己有清楚、明晰的观念，即我是一个在思维的东西，一个没有广延的东西；另一方面，我对身体有明晰的观念，它是一个有广延而不能思维的东西，所以可以肯定：这个我（也就是我的灵魂是我之为我的那个东西）完全以及绝对地区别于我的身体，并且可以脱离身体而存在。
笛卡尔已经确立了这样的观点：倘若给定身体和心灵的定义，则它们可以独立存在而不互相依赖。但真正的问题是，它们是怎样共存的。一个无处落脚的、没有广延的精神实体如何能够对与其完全不同的、无生命的东西产生影响呢？人类是如何形成心灵和身体的奇怪结合体呢？这个问题正是英国哲学家吉尔伯特·赖尔所谓的“机器中的幽灵”问题。现在，我们知道身心是相互作用的。如果我重重地踩你的脚，你就会有痛的感觉，（身体影响心灵）；如果你记得下车时灯是亮的，你就会跑到停车场去把它熄灭（心灵影响身体）。问题是，笛卡尔如何解释这些问题的可能性？笛卡尔是这样来处理这些问题的：
我不只是住在我的身体里面，正如一个舵手住在他的船上，而且……我和身体紧密地结合在一起，融合、掺杂着组成了一个整体。因为，假如不是这样，那么当我的身体受伤时，我，这个仅仅在思维的东西，就不应该感到疼痛，而只会用理智去知觉这个伤痛，正如一个舵手通过视觉来察看船上是不是有什么东西坏了。
说得好！假设有一只船的舵手站在舰桥上，试图驾船穿过两个岩岬。岩岬的水道很窄，但是他自以为可以通过。他不停地四处查看。当他查看左舷，右舷突然传来一阵令人恐惧的“吱吱嘎嘎”声。他再检查右舷，发现碰到了一块岩石，船身被岩石划开一道裂缝。“啊，天哪”，他想，“这下可陷入麻烦了！”如果我们与身体的关系就像船长与他的船一样，情形会怎么样呢？你正站在厨房和朋友说话，把手放在炉子上。过了一会儿，你闻到烧焦的气味。你看火炉的时候，发现你的手皮肤上冒烟了。你移开你的手说道：“啊，天哪，我这下麻烦了！”或者你往前走，突然听到前面“咔嚓”的声音，你往下看才注意到你的腿已经摔断了。笛卡尔是对的。这种关系并不是我们的心灵和身体之间的关系。我们并不是先观察到身体受伤，然后再推断出我们觉得疼痛。正如笛卡尔所说，我们的意识和身体是“如此混杂”以至于“组成了……一个整体”。然而，再说一遍，按照他的解释，这是如何可能的呢？下面是笛卡尔提出这个问题时不得不谈到的：
我清楚地探明，灵魂在其中起作用的那部分身体绝不是心脏，也非整个大脑，而是大脑中最里面的部分，即位于大脑中间的很小的腺体。它垂悬于导管之上，处于大脑前腔中的动物精神凭借此导管与后腔中的精神发生联系。因此，腺体中所发生的最细微变化也能很大地改变这些精神过程。同样，精神过程发生的最细微变化也能对腺体的变化起很大作用。
笛卡尔选择了现在所谓的松果腺作为身体与心灵的交互场所。他的逻辑也许是这样的：松果腺似乎没有其他用途，可能它只是作为身心交互的场所。按照这种逻辑，他无疑也可以选择扁桃体或者阑尾。另外，尽管关于松果腺的功能争论还在继续，但很明显松果腺与性腺多少有关系。倘若如此，笛卡尔就更像是弗洛伊德学派的成员，而不是他现在这个样子。但真正的问题在于，如果把松果腺看作联系心身的器官，笛卡尔就确定了心灵的位置，那么你会发现，这个“位置”还是身体的，而不是心灵的特征。如果笛卡尔确定了心灵在某个位置，他通过这个位置把心灵转化为身体，他就会变成一个唯物主义者。这个结论，当然与笛卡尔想证明的恰恰相反，他的本体论似乎崩溃了。笛卡尔正要试图写文章解决这个问题，却恰好死于感冒，这使他把这个悖论留给后人回答。
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