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意识和肉体关系：2个极端，一个是唯物论的仅有肉体没有精神，另一个是唯心论的仅有精神感觉没有物质。2极端中，有精神肉体相对独立的二元论(同一硬币两面)，以及精神肉体相互联系而又分属不同层次的二元论(精神是神经细胞活动的整体结果)。另一种二元论认为精神是一种类似程序(软件)而肉体是硬件。精神和肉体的关系可能就像时空和物质的关系，能够互相影响。电脑是由硬件和软件结合组成的，未结合的硬件和软件不完整。
脑损伤会导致某些感觉受损但意识还在，说明意识并不一定依赖于这些感受。天生盲人、聋哑人可以拥有意识，说明意识应该是独立于这些感受回路的。没有视觉仍然可以有意识，但没有意识则任何感受都没有了。这些感受不是意识的核心，就像没有鼠标键盘打印机甚至没有显示器、但电脑核心系统仍然在运行一样，因此一些植物人或还有意识。没有生活记忆，仍可以有意识。有些案例连只有5%正常大脑的人都可以有正常的记忆。脑畸形、脑水肿和因病去除近半个大脑的人人格仍几乎不变、有正常智商。严重脑水肿几乎没有大脑的人仍能有人的正常意识，而大象和鲸鱼那么大的大脑却没有人这般的意识水平。阿兹海默症患者记不住自己是谁、住哪里。从外部看，病人都是有意识的，说明记忆不是意识的核心(有伪记忆)。重度痴呆会变得像婴儿。意识似乎和智商没什么直接关联，比如未懂事小孩和傻的成人也是有意识的。意识会在麻醉、睡眠、缺氧、受到重大情绪刺激、物理撞击等情况下关闭。
脑部手术醒来的人有不同程度的认知和感官能力丧失，变得像一个几岁的小孩或者很老的老人，视力、听力、语言能力、运动能力、数学能力需要一段时间后才逐步恢复，他们获得意识先于其它感官，这些现象也支持“意识不是简单的感官功能的组合”的观点。在脑部手术中有一种麻醉，能使得病人没有触觉、痛觉、也无法说话，但意识仍然清醒、能听见医生说话、扯线头的声音。脑损伤恢复意识后不会计算，似乎显示数理逻辑是“未损伤前的大脑的功能”，而不是损伤后的。为何符合数理逻辑的物理大脑产生的意识却能产生非数理逻辑的意识活动过程(比如非逻辑的“想象力”和非理性的信仰)呢?
婴儿在能识别出自己的镜像之前是否有意识? 答案似乎是有。那么老年痴呆症晚期者是否有仍意识? 对比脑部损伤或脑部手术刚恢复意识时的“婴儿模式”，似乎即使老年痴呆症晚期也是有意识的。如果这样，那么意识虽然和感觉以及认知能力有很大关系，但即使没有认知能力和反应能力，意识仍然可能存在。一些脑部损伤或手术刚恢复意识短时期内，就像婴儿一样，几乎没有什么认知能力和反应能力，但病人清楚知道并且事后能回忆起那时自己醒了以及周围发生的事情(比如护士让他做简单的数学计算但无法计算等)，那时也是有意识的，这个能觉知的核心和后天认知能力甚至个性性格没多大关系。BF Skinner认为我们的行为是我们与环境互动的过程学习后形成的产物，鸽子等动物可以通过与环境互动并学习到新的个性行为，由此个性的外在表现--行为可以被环境塑造甚至强化成难以改变的习性。类似电脑在后天使用过程中被个性化，人格不是自我的核心。
动物可能有一定程度的意识，只是动物更深地依赖于潜意识本能，它们的大脑所建立起来的感知模型更大地限制了它们的意识的权限。不同物种的大脑模型和感官结构，归根到底都是DNA信息写好的，潜意识的源头在DNA。动物也有松果体。
①连体婴儿可以共享某一肢体，连脑姐妹可以共享部分视觉和味觉；②开颅手术医生可以电击控制病人肢体；③外部适当的磁场可以影响正常人的躯体活动，比如无法正常说话、面部表情扭曲、无法控制自己的手的动作、肢体不自主动作等。这几个现象显示在感觉和控制上被干扰的情况下，自主意识并未受到同样严重的扭曲，自主意识仍清醒能觉知肢体或大脑被“不是自己意识的外部作用”影响了。
蜘蛛网意识理论认为意识随着大脑功能的停止而消亡。该理论中意识是网络集体概念，不是某个细胞或某个大脑部位的功能。其理由是清醒时微电击大脑的电流才能大面积扩散，睡眠时只是一小部分区域发光。该理论认为只有在清醒的状态下神经细胞才会像蜘蛛网一样联系起来，这种复杂连接才称之为意识。该理论可计算“意识的量”(正比于神经细胞数量)，当神经细胞完全没有联系时，“意识的量”会归0。有人将植物人的神经细胞数据套进该理论的数学式，计算结果显示植物人应该仍有意识，然而从外面的看来、植物人的意识消失了。此外，严重脑水肿的人仍然有意识和基本智商。
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