最早科学有神论的萌芽应该是路德和加尔文的宗教改革。它挑战了罗马天主教会的原始有神论模式，第一次尝试把宗教和科学相结合。
这个早期的科学有神论萌芽促进了之后的科学和人文主义的发展，但本身并不成功。早期轰轰烈烈脱离罗马天主教后，经历了理想主义奋发向上的几代人，之后逐渐衰弱，信众减少，把主流让位于人文主义和无神论。究其原因，是因为脱离圣经的限制不彻底。虽然宗教改革为个人争取到一定的圣经解释权，但仍然要去圣经中去寻找上帝，而忽视了同时也被神创造的整个世界。虽然基督教的教义最反对人类的骄傲和自恋，但新教本身并没摆脱骄傲和自恋，没有放开手脚承认自己的无知，努力追寻上帝。所以，和眼光对准世界未知领域的无神论相比，不占优势。
科学的发展和成效极大的影响了人的生活和思想，同时也影响了各种宗教。每个保留到现代的宗教都不得不面对科学的挑战，想办法把科学融入到自己的理论体系中。这对于佛教，道教，儒家，中医易经阴阳五行体系等并不困难。因为这些信仰本身就是一些理论，只要不排斥用科学实践的方法去验证和研究自身，就不会有太大的冲突。冲突反而来自无神论对这些学说的不接受，说是封建迷信等，其实显示出无神论发展到一定阶段的骄傲，自恋，固步自封和局限性。当今主流宗教中，伊斯兰教还主要坚持原始有神论的模式，所以显得有些格格不入。
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