今天开启重测序分析专题啦！恳请各位观众老爷点点关注！

所有分析均在linux系统上完成
整个重测序分析流程涉及到的软件非常多，本节介绍重测序常用软件的安装方法。

安装R包

install.packages("getopt")
install.packages("phangorn")
install.packages("qqman")
install.packages("CMplot")
install.packages("LDheatmap")
install.packages("gplots")
install.packages("multtest")
install.packages("scatterplot3d")

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("snpStats")
BiocManager::install("gdsfmt")
BiocManager::install("SNPRelate")

if(!require(devtools))
  install.packages("devtools")
devtools::install_github("bmansfeld/QTLseqr")
devtools::install_github("royfrancis/pophelper")
#批量安装
#install.packages(c("A","B","C")) 

使用conda安装软件包

#在安装软件前先建一个新的conda环境
conda create -n re-seq
#切换到新的环境下
conda activate re-seq
#安装软件
conda install fastp bwa samtools picard gatk4 vcftools plink phylip snpeff admixture beagle vcflib tassel ucsc-gtftogenepred ucsc-gff3togenepred

安装其他软件

手动安装的软件均在/software 目录下
1.annovar
下载地址：Download ANNOVAR - ANNOVAR Documentation (openbioinformatics.org)
该网页需要拿教育邮箱注册后才能下载，下载完成解压后即可使用。
2.emmax
下载地址：EMMAX Software (umich.edu)
解压后即可使用
3.haploview

wget https://www.broadinstitute.org/ftp/pub/mpg/haploview/Haploview.jar

4.poplddecay

git clone https://github.com/hewm2008/PopLDdecay.git 
cd PopLDdecay
chmod 755 configure
./configure
make

5.cnvnator
cnvnator安装需要依赖root软件包和samtools软件包（包含HTSlib）

#安装samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
tar -xvf samtools-1.9.tar.bz2
cd samtools-1.9
./configure
make

#安装root软件，直接下载后解压即可使用
wget https://root.cern/download/root_v6.18.04.Linux-ubuntu18-x86_64-gcc7.4.tar.gz
tar -zxvf root_v6.18.04.Linux-ubuntu18-x86_64-gcc7.4.tar.gz

#安装cnvnator
git clone https://github.com/abyzovlab/CNVnator.git
cd CNVnator
#链接samtools软件目录到cnvnator目录
ln -s ../samtools-1.9  ./samtools
#加载root软件到环境变量
export ROOTSYS=/home/software/cnvnator/root
export PATH=/home/software/cnvnator/root/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$ROOTSYS/lib

#编译cnvnator
make LIBS="-lcrypto"

6.lumpy-sv
lumpy-sv依赖的Python2.7的环境

conda create -n py2.7 python=2.7
conda activate py2.7
git clone --recursive https://github.com/arq5x/lumpy-sv.git
cd lumpy-sv
make

#安装svtyper和svtools
conda install svtyper
conda install svtools

7.selescan
直接下载即可使用

git clone https://github.com/szpiech/selscan.git

8.psmc

git clone https://github.com/lh3/psmc.git
make
cd utils
make

后续如果用到了新的软件，会在对应的章节中讲解

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