文献笔记三十二：Circoletto可视化Blast结果

文章题目

Circoletto: visualizing sequence similarity with Circos

发表期刊、年份

Bioinformatics 2010
Institute of Agrobiotechnology, Centre for Research and Technology Hellas, Greece

Yet, there is great need for intutive ways to quickly understand their output, and interactive solutions have so far included linearly stacked pairs of ideograms, and highly efficient graph layouts of large numbers of nodes representing sequences and edges representing similarity.

最早是浏览 HomBlocks 这个工具的github主页时候发现这个工具的。最近可能会有这个需求，回过头仔细看一下这个工具的用法。

工具提供

• 网页版（online visualization tool） http://tools.bat.infspire.org/circoletto/
• 本地版（software package for offline use） https://github.com/infspiredBAT/Circoletto

各有优缺点：网页版对上传文件大小有限制，最大文件20M；本地版安装依赖Bioperl，Blast，Circos。Circos据传言安装起来非常麻烦。暂时先不尝试本地版。

最简单的用法：直接上传Blast结果，然后点运行就可以（输出结果png或者svg格式可选）

• 网页版提供一个Blast的输出结果作为例子，下载下来上传运行，结果

  
  example_blast_ouput.txt0028210531.png

• 自己运行blast，然后上传结果

#构建数据库
makeblastdb -in database.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out database_name
#blastn比对
blastn -query input.fasta -db database_name > output.txt

上传运行

blast_3.txt0090512957.png

网页版工具有很多参数可选用来调节细节，这些参数的意义还需时间仔细琢磨！