使用R语言爬取DailyMed药物信息

之前介绍过如何批量爬取NCBI中基因详细信息，今天介绍爬取DailyMed指定药物的数据。

点击查看：R语言批量爬取NCBI基因注释数据

根据指定药物药物及其ID列表（由ID可以获得该药的网页链接）爬取这些药物在DailyMed中的相关信息：

DailyMed中对药物的描述如下：

我们提取每个药物的下列信息：Marketing Status，Active ingredient，WARNINGS和Stop use and ask a doctor if。

先载入所需要的包并读入上面的列表：

library(RCurl)
library(rjson)
library(stringr)
library(XML)
library(openxlsx)

rm(list=ls())
setwd("D:\\ding")

#读入xlsx文件，第一列是Drug名，第二列是DailyMed ID：
Dailymed_file <- read.xlsx("./data/OTC_2017_Ding.xlsx","Sheet2")

根据药物ID获得该药所在网址：

Dailymed_file$Dailymed_url <- paste("https://dailymed.nlm.nih.gov/dailymed/drugInfo.cfm?setid=",Dailymed_file$DailyMed_ID,sep="")

结果如下：

接下来定义提取函数：

1. 获得指定字段marketing-status的的Node内容：

getMarketing <- function(html_txt1){
  els2 = getNodeSet(html_txt1, "//*[@id=\"marketing-status\"]")
  # 获得Node的内容，并且去除空字符：
  els2_txt <- sapply(els2,xmlValue)[!(sapply(els2,xmlValue)=="")]
  if(length(els2_txt)==0){
    return(NA)
  }
  else{
    # 去除\n：
    str_c(str_replace_all(els2_txt,"(\\n )+",""),collapse = " ")
  }
}

2. 获得指定字段Active ingredient的的Node内容：

getActiveIng <- function(html_txt1){
  els1 = getNodeSet(html_txt1, "//*[@id=\"drug-information\"]/div/ul/li[a='ACTIVE INGREDIENT' or a='Active ingredient' or a='Active Ingredient' or a='OTC - ACTIVE INGREDIENT SECTION' or a='ACTIVE INGREDIENTS' or a='Active Ing' or starts-with(a,'Active') or starts-with(a,'ACTIVE')]/div")
  # 获得Node的内容，并且去除空字符：
  els1_txt <- sapply(els1,xmlValue)[!(sapply(els1,xmlValue)=="")]
  if(length(els1_txt)==0){
    return(NA)
  }
  else{
    # 去除\n：
    str_c(str_trim(str_replace_all(els1_txt,"(\\n)+","")),collapse = " ")
  }
}

3. 获得指定字段warnings的的Node内容：

getWarning <- function(html_txt1){
  els3 = getNodeSet(html_txt1, "//*[@id=\"drug-information\"]/div/ul/li[a='Warnings' or starts-with(a,'Warning') or starts-with(a,'WARNING') or starts-with(a,'warning')]/div")
  # 获得Node的内容，并且去除空字符：
  els3_txt <- sapply(els3,xmlValue)[!(sapply(els3,xmlValue)=="")]
  if(length(els3_txt)==0){
    return(NA)
  }
  else{
    # 去除\n：
    str_c(str_trim(str_replace_all(els3_txt,"(\\n )+","")),collapse = " ")
  }
}

4. 获得指定字段Stop use的的Node内容：

getStopUse <- function(html_txt1){
  els5 = getNodeSet(html_txt1, "//*[@id=\"drug-information\"]/div/ul/li[a='STOP USE' or a='stop use' or starts-with(a,'stop') or starts-with(a,'Stop') or starts-with(a,'STOP')]/div")
  # 获得Node的内容，并且去除空字符：
  els5_txt <- sapply(els5,xmlValue)[!(sapply(els5,xmlValue)=="")]
  if(length(els5_txt)==0){
    return(NA)
  }
  else{
    # 去除\n：
    str_c(str_trim(str_replace_all(els5_txt,"(\\n )+","")),collapse = " ")
  }
}

进行爬取数据：

for(i in 1:nrow(Dailymed_file)){
  # 获得网址：
  doc <- getURL(Dailymed_file[i,"Dailymed_url"])
  cat(i)
  cat("\t获取网页内容成功!")
  # 获得网页内容
  html_txt1 = htmlParse(doc, asText = TRUE)
  
  # #可以省略，保存网页内容到本地文件：
  # con <- file("./PaChong/DailyMed_local.html")
  # sink(con,append = TRUE)
  # html_txt1
  # sink()
  
  #获得Active ingredient/marketing-status/warnings/ADR：
  Dailymed_file[i,"Active_Ingredient"] <- try(getActiveIng(html_txt1),silent = TRUE)
  cat("写入Active Ingredient!")
  Dailymed_file[i,"Marketing"] <- try(getMarketing(html_txt1),silent = TRUE)
  cat("写入Market!")
  Dailymed_file[i,"Warning"] <- try(getWarning(html_txt1),silent = TRUE)
  cat("写入Warning!")
  Dailymed_file[i,"Stop_use"] <- try(getStopUse(html_txt1),silent = TRUE)
  cat(paste("写入ADR!\n"))
}

爬取结果如下：

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