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做分析缺台主机?一文教你在win10中打造生信分析环境

做分析缺台主机?一文教你在win10中打造生信分析环境

作者: WooWoods | 来源:发表于2019-12-11 11:55 被阅读0次

    有生信分析需求或是想学生信的朋友都知道,我们开展工作的前提是拥有一台Linux主机。这是由于这个专业的特殊性,我们使用的软件五花八门,但大多都是基于Linux平台的,且没有图形界面的命令行工具,在Windows上很难玩的转。
    搁以前呢,解决办法不外乎是把Windows铲了装Linux、装双系统、装虚拟机,或是花费不菲的价格买台云主机(土豪请绕道),反正就是各种折腾,尤其对于Windows培养起来的电脑用户来说,非常的不友好,一个小小的系统问题却成了大家进阶生信大神路上的第一个绊脚石。
    但是自从微软开始拥抱开源社区,情况就变得不一样了,微软和开源社区相爱相杀的精彩故事暂且不表,他的这一举动倒着实为广大人民群众带来了不小的便利。

    Microsoft loves Linux
    微软宣布"Microsoft loves Linux",于是就有了WSL,今天我们就是基于WSL搭建分析环境。

    什么是WSL

    WSL 全称为 Windows Subsystem for Linux,是一个为在 Windows 10 上能够原生运行 Linux 二进制可执行文件(ELF格式)的兼容层。微软早在 16 年就推出了 WSL,前一阵更是发布了 WSL 2.0,现在想必已经相对完善了。

    安装WSL

    安装子系统要求 Windows 10 Fall Creators Update 及之后版本,从这个版本开始,子系统才正式对外发布,之前的版本需要打开开发者选项。我们可以在设置中选择系统—-关于-—Windows 规格,来查看 Windows 版本号,大于 16215 就可以了(这年月的win10基本都满足条件了,毕竟win10是自动更新的):

    win10系统版本
    安装也是非常简单,首先以管理员身份运行Power Shell并运行:
    Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux

    之后,在 Microsoft Store 搜索 Linux,安装想要的 Linux 发行版。建议选择Ubuntu 18.04 LTS,因为Ubuntu是最流行且易入门的Linux发行版,具有活跃的社区,遇到问题很容易搜索到解决方案,且具有强大的软件包管理工具。

    安装好之后,开始菜单中就会出现Ubuntu的图标,点击启动。

    环境配置

    第一次启动会花费几分钟来初始化,并需要设置用户名和密码。


    查看系统版本

    输入命令cat /etc/os-release

    查看CPU信息

    输入命令cat /proc/cpuinfo | grep processor


    没错了,我的CPU是4核的

    查看硬盘信息

    输入命令df -h


    注意看最后两行,Windows的C盘和D盘被直接挂载到Ubuntu上了。

    WSL 还是挺强大的,看起来几乎和原生的Linux系统一样。我们再装些软件试试。

    安装Miniconda

    wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh && 
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    source .bashrc
    

    安装成功!

    安装bwa

    首先创建一个虚拟环境,专门用来安装生信软件。
    conda create -n bio python=3.7
    创建完成后,使用conda activate bio激活环境。
    输入conda install -c bioconda bwa安装bwa


    没有问题,看来用WSL做生信分析是完全可行的。并且安装配置的过程简单方便,对于新手上路或者做一些不太消耗计算资源的分析是非常有帮助的。
    ENJOY!

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