1918年北京政府南征捷报频传，3月底段祺瑞重新任内阁总理
5月“非常国会”将广州护法军政府的大元帅制改为“七总裁制”，孙文仅名列第四，孙愤而辞职，回到上海隐居。北军先锋吴佩孚却在这个时候擅自与南方军队达成停战，指责武力统一是自己人打自己人，呼吁和平，痛斥分裂和腐败，吴的高调主和为自己在全国范围内赢得一片掌声，尤其是知识界和学生界，在这种情况段祺瑞只好听任吴行动，南北战争不了了之。
1918年8月冯国璋代理大总统时间将满（袁世凯五年任期）背景下的大选
五年前袁世凯的掉以轻心使得国民党在第一届国会中占据大多数，北洋系在执政中遭遇很大麻烦，段祺瑞吸取教训，专门成立了“安福俱乐部”布置选举工作，安福系最大的竞争对手是知识分子占多数的研究系，即梁启超组织的进步党，以及企业和金融人士组成的交通系。6月的选举结果一边倒，安福系占大多数国会议员，最愤愤不平的就是梁启超，加之其研究系另一领袖被暗杀，梁启超对政界明显表示倦意。
段祺瑞的选举胜利也埋下了众人怨恨他的种子，段用人任人唯亲，独断专行；而冯国璋也知道自己连任可能性不大，主动退出，却让段祺瑞处于尴尬地位，为显示公允和无私也宣布退出大总统竞选，在新政府中专心于“参战督办”的新职务（一战）。
9月4日，得到冯段支持的徐世昌票选当选民国第二任，第四位大总统。湖南吴佩孚反对，认为国会议员选举不合理应该是全民选举；西南系军阀则从法统角度出发，只承认冯国璋的代理大总统地位，不承认新成立的国会，当然不承认新选举出的大总统。
10月完成交接仪式，新内阁组成。徐世昌谋求南北和平，努力缓解当时社会存在的一切矛盾，包括满清遗老入阁，主张“偃武修文”四个字——促使社会各方面武装力量停战，国会宣布将孔子的诞生日作为全国性节日。
当段祺瑞准备完毕准备参战，1918年底德国投降，一战结束，北京政府收到参加巴黎和会的邀请，外交总长陆征祥一行先到日本，目的是先跟日本在某些问题达成默契，以避免在和会上发生正面冲突。同时，南北和谈启动，因为以美国为代表的国际势力呼吁中国和平统一，在此之前不允许各国向中国各势力借款，以此不支持中国内战。1919年2月20日，南北和谈会议在上海旧德国总会开幕，八次会议基本没取得什么进展；到5月初巴黎和会消息传到，五四运动爆发，南方总代表唐绍仪提出的内容为北方政府所当面拒绝，和会破裂，南北代表各向自己的政府提出辞职。
1919年5月4日 五四运动爆发
中国代表团到达巴黎之时，陆征祥得知中国代表名额由三个（在战争中提供过有效助益的国家）变为两个（对德国绝交的国家），是由于日本游说其他大国给国内战争的中国南北各一个名额；而中国代表团内部由于对于代表名单顺序中顾维钧排列名次的不满又分为两派，矛盾继续升级。
和会前英法意三国早就和日本签订密约保证战后支持日本获得德国战前在山东及各岛屿的领土权，通过顾维钧的努力中国获得了美国总统威尔逊的同情，但美国又不得不尊重列强意见。
美英法基本同意中国提交的说贴中的大部分内容，只是德国在山东的有关权益转交给日本，顾维钧表态只有得到政府的直接命令，才会在合约上签字，“我希望他们不要让我签字，这对我来说无异于死刑。”
五四运动的起因有一种说法是梁启超在背后推动，梁于1918年11月辞去财政总长后赴欧考察，并以观察员身份为参加巴黎和会的中国代表团提供咨询顾问和援助；在国内政府讨论和会内容之时，在欧洲的梁启超早就电报林长民巴黎和会结果，将签字升级到民族与国家的高度，点燃了社会的不满，从而引发大规模的学生运动以及随之而来的全国抗议活动。
三千多名学生高喊“还我青岛”，“废除二十一条”，“惩办卖国贼”，“誓死不承认合约”等口号，打着五色旗，向东交民巷外国使馆区行去，北京政府武力镇压。五四运动给北京政府极大的压力，为了消解民众愤怒，缓和社会压力，徐世昌总统罢免曹汝霖、陆宗舆、章宗祥等人职务，明确示意中国代表团不得在合约上签字。
五四运动的爆发当然为北京政府的反对派所支持，最先表态的是西南方面势力，广州非常国会通电谴责北京政府，实则抱有自身政治目的，借助群众运动打击北京政府；而当学生运动到自己的辖区，军阀本质就原形毕露，选择了对群众的镇压。
坚决站在学生一边的，是蛰伏在湖南衡阳的直系“玉帅”吴佩孚，不断发出义正言辞的电报，成为当代学生心目中的英雄，舆论和社会的支持，是后来吴佩孚轻而易举击溃皖系赢得胜利的关键；奉系张作霖也振臂呼应，加入对北京政府的声讨，想借此对皖系专权发动反击。
此时的北京政府又陷入了新一轮变故，国会权利过大，内阁总理不断换人，进一步引发了各省代表对段祺瑞专权和“安福系”国会的不满。这时候已很难看出这是名为共和的中华民国，还是封建专制的旧中国了。中国社会由对段祺瑞皖系的支持和首肯，转向了不信任和怀疑，并且对支持段祺瑞及皖系的日本表现出了憎恶。社会情绪的急转直下，让段祺瑞和皖系措手不及，却给皖系对立面以极大的信心。
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