生物学教育研究是一个有目的，有系统的探索商务教育问题，并使之得到解决的过程。一个系统的研究过程，一般都包括以下四个基本步骤：确定研究课题-制定研究计划-收集分析资料-作出研究结论。
1.确定研究课题。
选题决定了研究的方向和水平，能否独立判断和正确选题，是衡量研究工作者是否成熟的重要标志。课题的来源多种多样，有的来自上级专业机构的规划，有的出于对某一理论问题的探讨，有的源于教学实践中的困惑等等。一般的选题过程，包括提出研究问题，查阅相关文献，界定研究问题，进行课题论证。
1.1提出研究的问题。
提出研究问题是对研究课题的最初思考。通常思考下列三类问题：课题的价值问题，课题的新颖性和独创性问题，课题的可行性问题。
1.2查阅相关资料。
查阅相关文献，不仅是确定课题时必须要做的工作，而且是贯穿整个研究过程的工作。认真详细综述相关文献，不但有助于研究课题的筛选，同时可以了解过去的研究情况和现在的研究趋势，以避免重复前人的研究，浪费时间和精力。通过文献综述，也可以了解前人的研究设计的优点和缺点，有利于构建自身的研究计划。
研究者查阅文献，不是跑到图书馆登摘一段西这一段，而是要遵循一定的流程，有系统的进行资料整理活动。查阅文献的流程一般包括：列出与课题相关的关键问题，查找阅读相关文献或其摘要，将相关文献按重要程度或内容分类，编排目录，复制摘抄相关文献记录学习心得，剔除无关材料，形成完整的参考文献目录，作文献综述。
1.3确定研究的问题。
提出研究的问题，经过初步考虑，和查阅相关的文献之后，必须再次将拟研究的问题界定清楚。研究问题及名词等的界定，都要参考相关文献，确定研究问题的同时要考虑整个研究过程，最终形成研究计划，在可能的情况下进行课题论证，接收专家和同行的意见。
2.制定研究计划。
研究计划就好像建筑师的设计蓝图，必须仔细策划和全面执行。一般包括以下七个部分：
2.1课题的表述。
课题的表述要力求形成一个目标，以指导研究过程。它必须有足够的范围限制，以便得到一个确定的结论。
例1：原表述：中学生物评价的研究
再表述：中学生物学科学技能的实作评价研究
问题的形式：中学生物学课程的科学技能目标如何设定？实作评价有什么特点？在评价科学技能方面有什么特别的价值？评价工具开发程序如何？已经开发的评价工具的效果如何检测？等等。
例2：原表述：高中学生的生物学兴趣研究
再表述：高中学生生物学兴趣的调查研究
问题的形式：生物学兴趣包括哪些方面？不同性别的学生在兴趣上有什么不同？不同年级的学生在生物学兴趣上有什么不同？系统学习生物学以后，学生的兴趣变化趋势如何？等等。
2.2课题的意义。
课题的研究价值，应该从课题研究的理论意义和应用价值，进行归纳和表述。把课题的研究价值写清楚，有利于他人判断课题研究价值，以便得到有关机构和部门的支持。
2.3有关文献综述。
文献综述，是总结概括公认的权威专著和以前的研究结果，明确本课题中哪些已知、哪些未知、哪些尚未检验？
综述中要注意引用那些结论完全相同或者有所矛盾的研究，这样有利于针对性的了解现有的理论研究背景和问题的现状。不能把与课题有关的论文进行罗列，要把那些完全相关，较为可行和论述清楚的研究列入引用计划。
阅读专业研究人员的综述性文章，能够有效的获得有益的观点和建议，但不能用这类综述完全代替自己的独立研究。
2.4研究目的或研究假设。
经过以上的研究程序，研究的问题应该具体明确了，接下来就要将具体化的研究问题与行动目标或研究假设的形式呈现，用来进一步明确课题本质和研究思路，并指导搜集资料的过程。
研究假设，是一个问题的尝试性回答，是一种理性猜测，或者预感。生物学教育研究，可以以去“研究目的”来界定研究的问题，不一定要以“研究假设”的方式来呈现。这种以研究目的来表述的方式，在描述性研究中应用得更多。
一个好的研究假设应该做到，具有合理性，与已知的事实相一致，可以进行检验以判断其真伪，用最检验的术语表达。
2.5界定基本概念、变量和研究限制。
对一些基本概念进行界定，可以使研究更加明确和容易实施。
研究的变量，可以分为自变量，因变量和控制变量（无关变量）。
研究限制，指的是研究者控制之外的，可以使研究结论和应用到其他情境受到限制的某些条件，如不能使用更多的班级做实验组，不能确定收集资料的手段的效度，不能进行随机取样和随机分组等等。
2.6研究方法。
通常，这一部分要重点说明两个内容：研究对象和研究程序。
研究对象部分要简要说明研究的整体和研究者抽取样本的方法，确定整体中抽取的被试数量和取样方式，并对研究中的研究变量和设计的控制方法，进行归纳和完善。
程序部分主要包括研究方法的种类、多少和研究安排，他详细说明做什么，如何做，需要哪些数据，运用哪些资料书籍手段和资料分析方法？
2.7研究进度表。
计划研究进度，可以有效的预算研究的时间和内容，把研究项目划分为若干工作的部分，大致安排完成工作的时间，有利于系统安排工作，提高研究效率。
研究项目十分复杂，可以让流程图，或者时间任务图来描述工作的顺序。在研究计划中，还要列出课题组成员及分工，课题经费的计划和课题成果形式等。
3.收集资料和分析资料。
资料收集，是在研究过程设计之后开始进行的。为了使资料收集和分析工作有系统有计划的进行，对处理资料的方式以及要分析的项目，进行详细的计划。
3.1拟定收集资料的步骤。
在生物学教育研究中，资料收集的技术可分为三大利，观察法，测量法和调查法。
3.2选择资料分析方法与进行资料分析。
收集到的资料必须经过适当的规律处理和编码，才能进行分析，得出研究结论。
一般生物学教育研究的资料，大都要用统计方法来分析。在统计分析的过程中，可以应用如spss等统计分析软件，在执行资料分析时，除了要解释与预期结果相符的资料外，对与预期结果不符的数据，也要阐述解释，甚至讨论。
4.评价研究结果和得出结论。
经资料分析后产生的结果只是一堆原始的数据，研究者，要通过理念架构来加以解释，使之转化为实际的结构和推论，写成研究报告或者论文发表出来。这样的研究结论，才能对生物教育决策有所影响。
研究结果的解释是一项相当困难的工作，解释数据应把握以下四个原则：①研究结果的解释和推论，不可超出数据所能允许的范围。②再解释，研究结果并进行推论时，必须设法解释未能妥善控制的变量，给自己和读者留下足够的空间来考虑这些未控制的变量可能造成的影响。③研究结果的解释和推论，应考虑研究的限制。④有关因果关系的解释和推论，要特别小心，除非有充足、明显的证据，否则不轻易将两个研究变量解释为因果关系。特别要指出的是，相关关系不等于因果关系。
源自《生物学教育研究方法与案例》，刘恩山主编。
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