IGV载入bam后出错怎么办？

刘小泽写于2020.2.16
虽然是一个小问题，但也不能慌

关于IGV的介绍

之前写过几篇：

• 必备可视化Integrative Genomic Viewer(IGV)(一)
• 必备可视化Integrative Genomic Viewer(IGV)(二)
• 2019意犹未尽的基因组可视化IGV（一）
• 2019意犹未尽的基因组可视化IGV（二）
• 勇敢跳进igv安装的坑
• IGV加载很久很烦人？三步帮你解决！

目前，官网更新到了2.8.x版本

问题来源

先做一个测试的小bam文件

先将bam文件进行sort

samtools sort -@ 4 -o test.sort.bam test.bam

然后只要它的1号染色体

samtools view -h test.sort.bam chr1 | samtools view -Sb - > test.small.bam

最后构建索引

samtools index test.small.bam

把bam同.bai一起导出来

将bam放入IGV中，一开始是没有问题的

image

但当放大想查看具体的比对结果时，出现了：

image

应急方法

这其实就是索引文件的问题，怎么办？不要惊慌，其实也不需要去服务器重新做一遍索引、再导出，我们直接利用IGV自带的igvtools工具就好了，先能完成任务即可

在Tools =》 Run igvtools， 然后选择Index ，并且指定好文件的位置

关于这个位置信息：不要手动输入，这样可能会输错。

windows利用我的电脑中显示的的文件链接：

image

mac可以直接把文件拖进terminal，路径会立刻出来：

image

然后运行即可：

image

之后利用它构建的index，bam文件就能顺利加载进来啦

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