火山图-“高下立判”

• 这些东西，换成是高中的我们来做，应该会笑吧，原来长大后的考验也不过如此；
• 其实就是把差异分析结果中的logFC(fold change,limma中给出的结果经由log2处理)和p.value拎出来 ，以log2FC为x轴，-log10(p.value)为y轴对数据进行展示而已；
• 理解，stable、up-regulated、down-regulated的界定，都是未成文的cutoff（|log2FC|>1，p.value<0.05或p.value<0.01）而已；

#####从limma中得到p.value，logFC等值；
dff<-topTable(fit2,number=nrow(fit2))
dff <- subset(dff, select=c("P.Value","logFC"))
dff$'log10_P.Value'= -log10(dff$P.Value)
dff$total=ifelse(dff$P.Val>0.05,'stable',
                 ifelse( dff$logFC >1,'up',
                         ifelse( dff$logFC < -1,'down','stable') )
)
dff$name=rownames(dff)
####火山图
library(ggpubr)
ggscatter(dff, x = "logFC", y = "log10_P.Value", color = "total",size = 0.75)

• 对数据处理部分就是把logFC和p.value的数值基于展示的要求处理；
• 基于logFC和p.value，用ifelse把p.val大于0.05归为stable，小于0.05的部分，用logFC划分（logFC>1为up，（logFC<1的范围中，logFC<-1为down，-1<logFC<1为stable））

• ggscatter里面的参数，dff为数据，x选dff中的logFC那一列，y选dff中log_10p.value那一列，以dff中的total（把数据分成了up，down，stable三种）进行上色；size设置点的大小；

  
  

total=dff$total
library(ggplot2)
qplot(x=dff$logFC, y=-log10(dff$P.Value),color= total)+xlab("log2 fold change") + ylab("-log10 p-value")+theme_bw()+scale_colour_manual(values = c('up'="blue",'stable'='grey','down'='red'))

• qplot中，x和y直接指定用来画图的数据，color用来指定进行上色的数据，xlab和ylab为x轴和y轴添加名字，scale_colour_manual对上色的数据指定具体的颜色；

with(subset(dff, adj.P.Val<.05 ),plot(logFC, log10_P.Value,pch=20, col="red"))
with(subset(dff, abs(logFC)>1), points(logFC, log10_P.Value, pch=20, col="orange"))
with(subset(dff, adj.P.Val<.05 & abs(logFC)>1),  points(logFC, log10_P.Value, pch=20, col="green"))

# Label points with the textxy function from the calibrate plot
library(calibrate)
TF_gene<-c('ONECUT2','RAPGEF5','SIX2','MYT1L','ASCL1','PROX1','INSM1','ZNF711','MYT1')
with(subset(dff, adj.P.Val<.05 & abs(logFC)>1), textxy(logFC, log10_P.Value, labs=dff$SYMBOL[dff$SYMBOL%in%TF_gene], cex=.8))

• 这里是一个实际的需求，将具体的基因名加到图中，但明显这个图不漂亮，之后琢磨了强大的ggplot2后再把代码更新一下；这里用的数据，我已经把ENSEMBL 转换成SYMBOL了，但代码粗糙，未作展示；

  
  

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