电影《海蒂和爷爷》描写的是是去父母的小女孩海蒂和爷爷在阿尔卑斯山上放牧生活的故事。
从小失去父母的小女孩海蒂本来由姨妈照顾，由于姨妈要去外地大城市法兰克福工作，五岁的海蒂被送到住在阿尔卑斯山上的爷爷那里生活。
爷爷脾气古怪，和村里的人不睦，离群索居在山上小木屋里。一开始爷爷不接受海蒂，随时等待牧师找好安顿地方之后把她送走。但是小海蒂活波、开朗、勤快，深深地喜欢阿尔比斯山上的草地、羊群、白云，童真的新奇和自由在这片广阔无垠的山地上肆意释放。
海蒂新奇地看爷爷挤羊奶，接过爷爷刚挤出来的奶喝得嘴上沾满了白色的奶，没心没肺地朝爷爷笑着。
海蒂还认识了春天来山上牧羊的少年彼得，二人一起在山上牧羊、撒欢，度过快乐的一个春天和夏天。
冬天来临，满山的雪覆盖了整个山，随着和爷爷的朝夕相处，祖孙二人已经密不可分，爷爷不声不响地给海蒂多做了一把椅子，还带海蒂坐着自制的雪橇飞驰地划过山间，送海蒂到山下的彼得家里玩。在小伙伴家里，天生悲悯的海蒂见到瞎眼、只能吃软面包的奶奶。
当第二个春天来临，海蒂又可以和小伙伴彼得去山上牧羊，自由奔跑，分享爷爷准备的午餐。
而不速之客姨妈又飘然而来，说是要带海蒂去法兰克福过好日子，并承诺她如果不喜欢随时可以回来。其实是姨妈为了佣金送海蒂去有钱人家当陪读。已经习惯了海蒂陪伴的爷爷失落不已。
走出大山的海蒂与城市的一切格格不入，要凡事规规矩矩，衣服穿戴整齐，一本正经吃饭，不能随意和侍者说话，窗户也被死死地关着，要忍受刻板严厉的家庭女教师的管教。
在这里海蒂也认识了富家小姐被培养成淑女风范但双腿残疾的另一个小女孩儿克拉拉。忧郁沉静的克拉拉遇到自由不羁的海蒂，跟着海蒂去做以前不曾做过的逾矩行动，趁着午休之际一起跑到钟楼上试图看到家乡的远山，一起收养小猫，一起受家庭教室的惩罚，克拉拉脸上也展现出久违的笑容。
聪明顽劣的海蒂不愿意学识字，是开明智慧的克拉拉奶奶用讲一半的故事引导海蒂自己去识字、读书，也埋下了海蒂自己去写故事的萌芽。
深受约束的海蒂虽然有克拉拉的友谊和陪伴，可是还深深思念着阿尔卑斯那座山上的一草一木，还有慈祥的爷爷。抑郁成疾，引发梦游。好在克拉拉一家也通情达理，虽然不舍，还是送海蒂回到阿尔卑斯山上的爷爷家。
回到大山的海蒂就像鱼归大海，她在回到村子的当下立即脱下村民们羡慕不已的洋装和皮鞋，光脚走过松软的泥土地，心心念念地把从法兰克福带回来的软面包送给彼得奶奶，欢快地再次投入爷爷的怀抱……
大山的灵性滋养了海蒂，城市的繁华启迪了海蒂的心智，却没有泯灭她的自由天性，重新回归的海蒂，除了享受大山的自由，也开始和爷爷搬回村子，和小伙伴一起上学汲取书本知识，用生动的语言给克拉拉写信，描绘出大山里的点点滴滴。
终于，坐着轮椅的克拉拉也来到了山里，呼吸着自由的空气，看到了蓝天，白云，自由飞翔的蝴蝶，粗鲁地用舌头舔舐盘底的残奶，和海蒂一起脱掉繁琐累赘的花裙子，一起住在干草铺就的简陋的阁楼上，阴差阳错，轮椅被毁的克拉拉，在大山里，在追逐一直蝴蝶时，残疾的克拉拉竟然充满奇迹站起来了，在海蒂和彼得的扶持和帮助下，居然能重新走路……
卡拉拉奶奶鼓励海蒂做自己想做的事情，不要在意其他人的想法，也送给海蒂一本空白的书，引导她写出美丽的故事。
影片的结尾，送走了脱胎换骨的好友克拉拉，穿着牧羊短装的海蒂，自由奔跑在一望无垠的阿尔卑斯山上，书写着属于她的故事。
阿尔卑斯山的灵性、豁达、包容、无私，滋养了海蒂，救赎了克拉拉。
更重要的是，海蒂小小年龄，走出一遭，能够不忘初心。一场乡村和城市生活的“变形记”，没有迷失于城市的安逸，反而坚定了本心，增大了格局。
一场从瑞士小镇到法兰克福，再回到瑞士阿尔卑斯山的“变形记”，海蒂还是原来的海蒂，海蒂又已不是原来的海蒂。
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