在德川幕府的统治下，日本频繁地向列强低头这让幕府的威信扫地，而且大量的中下级武士遭到幕府的严重剥削。
一开始尊王论者并不主张反对幕府，于是有了尊王攘夷运动；可是，德川幕府不顾天皇反对，擅自与外国签订条约，一些长期不满幕府专权的大名和武士利用此机会，以尊王为口号，企图参与幕政。
原本的尊王攘夷运动慢慢转变为倒幕运动，这种形势下，孝明天皇走出历代天皇无所作为的阴影，重返政治舞台。
17世纪德川家康建立了由幕府和藩国共同统治的封建制度，即幕藩体。这是一种分权统治的方式，类似于中国商周时代的分封制，我是老大我占有最富饶的地盘，你们都是我的小弟，都要听我的。
但是此时德川幕府的实力远远不如以前，德川建府二百多年，直属精锐部队“旗本八万骑”终日颓废，毫无作战积极性。
在第一次讨伐长州藩时，德川幕府在借助本州西南、四国和九州地区21个藩的藩兵、英、美、法、荷四国力量才打败长州藩。
长州与萨摩两藩结成倒幕同盟，放弃"攘夷"口号，萨摩藩帮助长州藩走私多达7300支新式线膛步枪以及1艘蒸汽船。德川幕府发动第二次征长战争，然而在幕府纠集30个藩的兵力的情况下，多达10万的幕府军攻击5000长州军竟然被打的一败涂地。这次征伐的失败，幕府威望降低到最低点。
第二年，萨摩藩、长州藩、芸州藩制定倒幕举兵方案，萨摩藩、长州藩正式宣告倒幕。
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