简单、快速，KEGG批量注释--kobas如何实现本地化

注意 ：kobas支持python2 版本，本文安装使用的是Centos 7.4系统

pip安装：

（1）出现的问题网址：https://www.cnblogs.com/saolv/p/6963314.html
（2）安装：

    sudo yum -y install epel-release
    sudo yum -y install python-pip 

PySQLite 的安装：

（1） 出现的问题error: command ‘gcc’ failed with exit status 1；
解决方案如下 （参考网址：https://blog.csdn.net/u010445516/article/details/76850704）；

yum install libsqlite3x.x86_64 #使用命令yum search sqlite3进行搜索，然后选择libsqlite3x.x86_64并安装
yum install libsqlite3x-devel  #使用命令yum search sqlite3进行搜索，然后选择libsqlite3x-devel并安装
sudo pip install PySQLite

NCBIblast 的安装:

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
tar -zxvf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
echo 'export PATH=/root/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin:$PATH' >> ~/.bashrc 
source ~/.bashrc

KOBAS 安装：

出现的问题：
（1）如果rpy2报错，直接重装rpy2，命令：pip install rpy2==2.7.8

1. download kobas (http://kobas.cbi.pku.edu.cn/help.do)

kobas-3.0.3.tar.gz、organism.db.gz、ko.db.gz、ko.pep.fasta.gz

2. R ，qvalue的安装

• source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
• biocLite("qvalue")

3. python 相关模块安装

sudo pip install rpy2==2.7.8 #支持python2，
sudo pip install BioPython  
sudo pip install PySQLite

4. blast (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/)

• ncbi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz

tar -zxvf ncbi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz
echo 'export PATH=/root/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin:$PATH' >> ~/.bashrc

5. install kobas

tar -zxvf kobas-3.0.3.tar.gz 
cd kobas-3.0/

6. 将压缩包 organism.db.gz 和 ko.db.gz 拷贝到 sqlite3文件夹下

gzip -d organism.db.gz
gzip -d ko.db.gz

7. 将压缩包ko.pep.fasta.gz拷贝到seq_pep文件夹下

gzip -d ko.pep.fasta.gz

8. 将KOBAS软件的执行脚本添加到 ~/.bashrc

echo 'export PATH=$PATH:/root/biosoft/kegg/kobas-3.0/scripts' >>~/.bashrc

9. 安装KOBAS相应的模块到python中，注意：不是kobas-3.0/src/kobas目录

echo 'export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/root/biosoft/kegg/kobas-3.0/src' >> ~/.bashrc 

10. 修改kobasrc中的kobas_home和blast_home

kobas_home = /root/biosoft/kegg/kobas-3.0
blast_home = /root/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin
cp kobasrc ~/.kobasrc  #将kobasrc文件拷贝到~/.kobasrc目录下

6 KOBAS 的使用

若出现如下类似的问题：

unable to load shared object /xxxx/xxx/R-install/lib64/R/library/stats/libs/stats.so
libRlapack.so: cannot open shared object file: No such file or directory

则解决方案为：

export R_HOME=/usr/local/lib64/R/   #设置R的工作目录
export LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH} #设置动态库的查找路径

使用命令 （加粗部分为自己要填写的内容）：

annotate.py -i all_genomic_gene.fasta -s ko -t fasta:nuc -o all_genomic_geneGene.ann -n 4
annotate.py -i diff_gene.fasta -s ko -t fasta:nuc -o diff_gene.ann -n 4
identify.py -f diff_gene.ann -b all_genomic_gene.ann -d K -o kegg.result.xls

完成注释
2021.3.16
本文转载自“学术传真”微信公众号