生物小工具

本文主要介绍一些生物小工具,尤其是在文章中的，还有就是生物信息学方面的，总而言之，言而总之，希望能够帮助到大家。

关键词：生物信息学工具;绘图工具

1、itol用于对系统进化树进行美化的工具（关键词：进化树，系统发育树，可视化，美化，iTOL，EvolView）

https://itol.embl.de/

另外一个

EvolView

https://www.evolgenius.info/evolview/#login

当然还有个PC端的Figtree

2、GSDS用于显示基因结构的，但不仅限于此(关键词：可视化，基因结构，gff3文件)

http://gsds.cbi.pku.edu.cn/

3、ExPAS蛋白理化性质（关键词：分子质量，等电点，亲疏水性）

https://web.expasy.org/protparam/

4、MEGA官方网站,有最新版本的MEGA（关键词：进化树，比对，nwk,meg）

https://www.megasoftware.net/

5、SignalP-5.0信号肽预测

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

6、STRING蛋白互作(关键词：拟南芥，蛋白互作，PPI？)

https://string-db.org/

7、Plantcare元件预测(关键词：元件，启动子？元件预测)

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

8、SOPMA二级结构

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/htm;/

9、序列操作工具箱（关键词：互补序列，反向互补，GC，开放阅读框，PCR,碱基互补，等电点，亲疏水性，图谱，FASTA，翻译，蛋白），当然很多是公司开发出来的，给客户用。挺好的，致谢公司！

http://www.detaibio.com/sms2/

http://www.novopro.cn/tools/

http://www.detaibio.com/tools/

https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/

10、SWISS-MODEL(三维结构)

https://swissmodel.expasy.org/

11、引物设计（引物，引物设计）（关于这些工具的用法，有时间我再写）

http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/
http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/primer3/

http://primer3plus.com/cgi-bin/dev/primer3plus.cgi

http://primer3.ut.ee/
http://www.primer3plus.com/

http://bisearch.enzim.hu/

http://bioinformatics.org/primerx/cgi-bin/DNA_1.cgi

https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

https://probes.pw.usda.gov/cgi-bin/batchprimer3/batchprimer3.cgi

https://www.genscript.com/tools/real-time-pcr-taqman-primer-design-tool

https://www.genscript.com/tools/pcr-primers-designer

https://sg.idtdna.com/primerquest/home/index

http://www.premierbiosoft.com/qOligo/Oligo.jsp?PID=1

PrimerFactoryQt v.1.0.3

http://www.snowformatics.com/primer-factory.html

http://www.autoprime.de/AutoPrimeWeb

12、TargetP 1.1 Server亚细胞定位

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/plant-multi/

13、绘图，包括想IBS能够画的，它也可以实现（基因结构可视化，元件可视化等）

https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/mydomains/

IBS:当然IBS同样很强大，缺点就是得一个个添加

http://ibs.biocuckoo.org/download.php#

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14、ProcessOn免费在线作图（关键词：思维脑图，分支，分类）

https://www.processon.com/;jsessionid=22DBBFE25C74582FF3ADF01C197146F3.jvm1

15、Heatmap热图绘制（热图，时空表达）

http://www.qplot.cn:3838/apps/002-heatmap.2/

16、工具包内含多种图形的绘制（维恩图，热图，气泡图，主成分分析，相关性分析，聚类图）

http://qplot.cn/indexapp/

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17、维恩图

http://www.interactivenn.net/

18、Clustergrammer聚类

http://amp.pharm.mssm.edu/clustergrammer/

19、微生信，强烈推荐，推荐，因为它也是整合了多个工具为一体（直方图，面积图，饼图，圈图，热图，雷达图）

http://www.bioinformatics.com.cn/

20、WebLogo 3

http://weblogo.threeplusone.com/

21、文件转换（pdf转换，合并）

https://www.pdfpai.com/

22、幕布，简单绘制思维脑图

https://mubu.com/

23、重磅的文献小镇（文献下载，影响因子查询）

http://www.sci-hub.ac.cn/

24、百度识图，可以直接拖拽或者粘贴，还有上传图片

https://graph.baidu.com/pcpage/index?tpl_from=pc&queryImageUrl=http%3A%2F%2Ftva3.sinaimg.cn%2Fcrop.0.0.180.180.180%2Fae9edbb9jw1e8qgp5bmzyj2050050aa8.jpg

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25、欧洲生信研究中心，这里面的工具也是不少的，在我看来它整合了多个数据库，还有很多的小工具可以使用

https://www.ebi.ac.uk/services

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26、常用绘图工具Draw

https://inkscape.org/

27、悟空数据分析平台，推荐，推荐（韦恩图，雷达图，）

https://www.omicsolution.org/wkomics/main/

28、也是相当厉害的一个网站了，同样的功能太多了，无法描述，自行体会（热图，主成分，通路）

http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/

29、TBtools强烈推荐，推荐（基因组文件处理，可视化，序列简化，提取，比对，基因家族全套，还有贪吃蛇（游戏））

这个软件的开发者，CJ有公众微信号的，生信札记，可前往查看具体细节

30、Alvis（系统发育树）（表示没有用过，genome）

https://bitbucket.org/rfs/alvis/downloads/

31、Dendroscope

官网是这么说的

图例

32、Jalview（不推荐这个，那推荐什么）

http://www.jalview.org/

官网原话（厉害了）： Jalview is a free program for multiple sequence alignment editing, visualisation and analysis. Use it to view and edit sequence alignments, analyse them with phylogenetic trees and principal components analysis (PCA) plots and explore molecular structures and annotation.

自己看吧

以上就是我用到的软件，有新软件我会持续更新的，谢谢！

其它软件：

1、tRNAscan-SE

http://lowelab.ucsc.edu/software/

原文：生物小工具