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今天师妹问了我一个关于GSExxx的“蠢问题”

今天师妹问了我一个关于GSExxx的“蠢问题”

作者: 冻春卷 | 来源:发表于2019-02-25 11:25 被阅读66次

这是一个简单的问题解答过程分享,已经证明这样的讲解思路可以帮助完全没有任何背景的初学者快速了解GSExxx是什么。

1. 想挖但不知从何挖起

师妹是一个勤奋的好孩子,在业余还想着自学数据挖掘,跟我一样,看了许多教程,教程都写得很清楚,说得很明白,但是还是寸步难行,归根结底,还是缺那么一点点一点就通的背景知识

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2. 解答过程

(1)举个例子--样本

比如说,我们有6个样本,3个重复的control组细胞+3个重复的给药组细胞,拿去测序

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(2)举个例子--表达矩阵

测序结束后,经过生信分析,最终我们要得到表达矩阵

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且看表达矩阵图
(3)举个例子--GSExxx和表达矩阵
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(4)举个例子--找一个GSE号出来

打开NCBI,转到GEO,输入breast cancer and p53


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补一点字上去吧,不然人家看不到这个文章了。
怎么查找GSE号,怎么知道我感兴趣的GSE号,通过NCBI的GEO数据库下载GSE,如何下载GEO公共测序数据,从文献里面查找GSE,从文献里面找到感兴趣的公共测试数据,下载文献中的基因检测数据。

好哒~~结束!

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