先上图
在做完WGCNA之后，我锁定了两个模块，但是怎么展示这两组的KEGG结果又不会凌乱呢？我最后想到了如上图。
- 做KEGG富集分析
library(clusterProfiler)
id<-bitr(colnames(turquoise.expr),fromType = "SYMBOL",toType = "ENTREZID",OrgDb = "org.Hs.eg.db")
tur<-enrichKEGG(id[,2])
其中colnames(turquoise.expr)是基因名
- 将得到的tur整理成数据框形式
tur<-tur@result[which(tur@result$p.adjust<0.05),]
tur$ratio<-round(tur$Count/6180,3)
- 画图
a<-ggplot(tur)+geom_bar(aes(y=ratio,x=Description,fill=p.adjust),stat = "identity")+
coord_flip()+scale_fill_gradientn(colours=c("red","yellow"))+
theme(legend.position=c(1,0.3),legend.justification=c(1,1))+
scale_x_discrete(position = "left")+annotate("text",y=0.05,x=34,label="turquoise",size=5)+
theme(axis.title.y = element_blank())
-
b图却有了难点，想要图形水平翻转（即镜像形式），才能得到上上图的背靠背效果。但是水平翻转的函数我查了很久都没查到，最后抖了个机灵，将横坐标改成了负值。
-
合并，成图
plot_grid(b,a,labels = "")
问：B图横坐标的负值咋办？
答：我懒得改了，你直接P吧～
总结：
老规矩，为了你的查阅方便，我把ggplot分图层总结了一下，不用谢我是雷锋
柱形图
geom_bar(aes(y=ratio,x=Description,fill=p.adjust),stat = "identity")
X轴与Y轴的旋转
coord_flip()
连续类颜色的填充
scale_fill_gradientn(colours=c("red","yellow"))
调节图例位置
theme(legend.position=c(1,0.3),legend.justification=c(1,1))
调节Y坐标的位置
scale_x_discrete(position = "left")
左上角加文字
annotate("text",y=0.05,x=34,label="turquoise",size=5)
去掉Y轴标题
theme(axis.title.y = element_blank())
合并两个图
plot_grid(b,a,labels = "")
好累，今天一口气更了3篇，现在字都不会打了，快帮我点赞吧～
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